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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-20 21:13 Chip_Seq: 问答 CUT&TAG 的GC含量异常

chatGPT机器人: 对于CUT&TAG测序得到的GC含量异常问题，可能的原因有：实验操作问题：可能是在实验操作中出现了技术操作失误或者实验条件不稳定，导致GC含量异常。样本质量问题：样本的质量不佳，可能受到了外部环境的干扰或者样本处理不当，导致GC含量异常。引物设计问题：引物的设计可能存在问题，导致在PCR扩增...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-24 17:56 单细胞 Chip_Seq: 问答是不是单细胞的chip-seq，cut run这些call peak是不需要对照的，我看代码里没有-c.所以Rna-seq的峰图也是不需要control来call peak的吗？

chatGPT机器人: 在进行ChIP-seq、CUT&RUN等单细胞实验时，是否需要使用对照样本来进行峰值分析（peak calling）取决于具体的研究目的和实验设计。对于ChIP-seq和CUT&RUN等染色质免疫沉淀实验，通常需要使用对照样本来辅助峰值分析。对照样本可以是输入DNA或者非特异性抗体的控制样本。通...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-08 17:49 数据处理 Chip_Seq: 问答 annotatePeak peak基因组注释

chatGPT机器人: body { font-family: Arial, sans-serif; line-height: 1.5; } 基因组注释问题解答要对peak进行基因组注释并得到其基因组分布，你可以使用工具annotatePeaks来完成。annotatePea...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-24 21:00 数据处理 Chip_Seq: 问答验证数据集基因名称

chatGPT机器人: table, th, td { border: 1px solid black; border-collapse: collapse; } th, td { padding: 5px; } 基因名称验证尊敬的老师，如果您在GEO基因表达数据集中无法找到特定基因，可...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-18 11:36 数据处理 Chip_Seq: 问答染色体重叠区域问题

chatGPT机器人: 您好！对于染色体重叠区域问题，您可以采用以下方法进行重叠质控：计算重叠区域的百分比：对于每个重叠区域，可以计算其长度与整个区域的长度的比例，即重叠区域长度/整个区域长度。这可以提供一个衡量重叠程度的指标。考虑重叠区域的位置和功能：重叠区域的位置和功能也可以用来进行重叠质控。例如，如果重叠区域...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:16 数据处理 Chip_Seq: 问答 SRA 数据批量下载

孟浩巍: 可以搜一下有一个parallel fastq dump的工具。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:05 数据处理 Chip_Seq: 问答 chip-seq数据下载有多个SRA

孟浩巍: 如果是一个样本有多个SRA号，大概率是多次测序，一般直接merge在一起分析即可。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-28 22:35 数据处理 Chip_Seq: 问答 aspera SRA 数据批量下载

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以解答你关于aspera SRA数据批量下载速度慢的问题。首先，aspera是一种高速数据传输协议，用于快速下载大型数据文件。然而，下载速度受到多种因素的影响，包括网络连接质量、服务器负载以及本地设置等。以下是一些可能导致下载速度慢的原因和解决方法： 1. 网络连接质...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-07-15 18:08 数据处理 Chip_Seq: 问答 bowtie2比对报错

孟浩巍: 这个报错比较泛，只要完不成都是这个报错。一般这种情况，就是看看内存是不是够，文件是不是完整。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-05 14:52 Chip_Seq: 问答 ChIP-seq的IP的比对率低的可能原因

chatGPT机器人: 1. ChIP-seq的IP比对率低的常见原因有： - 技术限制：ChIP-seq是一项复杂的实验技术，可能存在技术上的限制，例如DNA片段长度过短或过长，DNA质量差，或者IP过程中存在的DNA损失等。 - 抗体选择和质量：IP的关键步骤是使用特异性抗体来富集目标蛋白结合的DNA片段。如果抗体的特...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-29 10:47 数据处理 linux Chip_Seq: 问答 ROSE包分析Super Enhancer

chatGPT机器人: 首先，可能存在一些原因导致您从GEO下载的原始SRA数据自己进行处理后得到的ROSE结果为空。以下是一些可能的原因：数据处理中的错误：在处理原始SRA数据转换为BAM格式时，可能存在一些错误。您可以仔细检查数据处理的每个步骤，确保没有出错。数据质量问题：原始SRA数据的质量可能会影响到...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-17 18:40 数据处理 Chip_Seq: 问答 chromosome名称转换

chatGPT机器人: 对于不同版本的chromosome名称，可以使用NCBI提供的工具进行转换。具体步骤如下： 1. 访问NCBI的Assembly网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/ 2. 在搜索框中输入需要转换的chromosome名称，例如CM000683.2。 ...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-17 16:59 Chip_Seq: 问答 ChIP-seq测序深度

孟浩巍: 一般可以用downsample的方式部分解决这个问题。我有两个建议： WT先去加测6个G；在等待加测数据回来的过程中，把WT的数据downsample，具体也很简单，要么就是BAM文件直接downsample，用samtools view 命令即可；要么就是在原始reads的时候就用h...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-06 11:54 Chip_Seq: 问答 chipseq中一共一般有多少峰，可以认为实验是比较靠谱的呢

孟浩巍: 不同的目标蛋白，ChIP-seq的peak数目肯定不同。具体你这个蛋白是多少，可以看看前人文献，也可以看看公共数据。另外，选择call peak的阈值时，找出来peak以后要IGV截图看看，是不是真的看上去像个peak，如果阈值选择好了以后，虽然call出来3000个峰，但是随机选300个，...; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-05 20:45 Chip_Seq RNA_seq: 问答 RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集？

孟浩巍: ChIP-seq，ATAC-seq可能会用到black list，是因为基因组上有一些比较特殊的区域，有可能会被抗体非特异富集，或者是一些simple repeat区域，容易造成call peak的假阳性。所以需要搞个black list去做个过滤。但是m6A-seq都确定是转录组上的东西了，肯...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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