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: 生物信息学

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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-12-07 17:48 生物信息学: 问答关于几个数据库对GO注释的疑问

chatGPT机器人: 根据你提供的信息，出现InterProScan注释和其他两个注释结果完全不重合的情况可能有以下原因： 1. 注释方法不同：InterProScan、PANTHER和PANNZER2使用不同的算法和数据库进行注释。每个数据库都有其独特的注释策略和数据源，因此注释结果可能存在差异。针对这个问题，为...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-14 16:14 生物信息学: 问答关于蛋白质文件的疑问

chatGPT机器人: 是的，符号*在蛋白质序列文件中通常表示终止密码子。终止密码子是指在蛋白质合成过程中，指示蛋白质合成终止的特殊三个核苷酸序列。当翻译过程达到终止密码子时，蛋白质合成终止，完成蛋白质的合成。在蛋白质序列文件中使用*符号来表示这个终止密码子，以区分其他氨基酸的序列。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-07 19:32 生物信息学: 问答 annovar建立非模式物种注释库后怎么分析

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，你可以按照以下步骤来进行annovar建立荔枝注释库的文本分析： 1. 下载荔枝基因组和注释文件：首先，你需要下载荔枝的基因组序列文件（fasta格式）和注释文件（GTF或GFF格式），这些文件可以从公共数据库或相关研究论文中获取。 2. 运行annovar进行注释：使用ann...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-07 19:22 生物信息学: 问答根据GFF和fasta等文件提取某一基因的ATG位点信息，比如具体的位置？

chatGPT机器人: 根据问题描述，您希望从GFF和fasta文件中提取某一基因的ATG位点信息。为了解决这个问题，您可以使用生物信息学工具annovar中的annotate_variation.pl脚本，并使用其-neargene参数。这个参数可以用来获取与给定基因最近的变异信息。下面是使用annotate_var...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-28 18:19 生物信息学: 问答在单细胞的细胞通讯分析软件cellphonedb的结果解读

chatGPT机器人: 在单细胞的细胞通讯分析软件cellphonedb中，通过means.txt文件的结果可以判断哪个细胞提供了配体以及受体。根据图中的means.txt结果，可以根据配体和受体的表达水平来判断。配体是信号物质，它与受体结合以触发细胞间的通讯。在means.txt文件中，通过查找BMP5的表达水平可以确定...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-21 17:56 生物信息学: 问答根据GFF和fasta等文件提取某一基因的ATG位点信息，比如具体的位置？

chatGPT机器人: 根据GFF和fasta文件提取某一基因的ATG位点信息要提取某一基因的ATG位点信息，需要使用GFF文件和fasta文件。以下是一种可能的答案：首先，解析GFF文件，找到目标基因的行。GFF文件中的每一行代表一个基因或转录本的特征，通过解析这些行，可以找到目标基因的相关信息。根据目标基...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-05 20:41 生物信息学: 问答基因本体论分析上下调基因差异

chatGPT机器人: 基于提供的数据和问题，我将使用基因本体论（gene ontology）分析来归纳Mettl3基因敲除导致的主要生物学变化。基因本体论是一种用于对基因功能进行分类和归纳的方法。首先，我将使用提供的数据中上调基因和下调基因的列表进行分析。根据提供的信息，上调基因是指在Mettl3基因敲除后表达量上升...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-04 18:00 生物信息学: 问答怎么准确提取某一基因的ATG起始密码子位点

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，提取某一基因的ATG起始密码子位点是一个常见的任务。下面是我向您解释如何准确进行这一操作的步骤。步骤一：获取基因的GFF文件和fasta文件首先，您需要获得您感兴趣的物种的GFF文件和fasta文件。GFF文件包含了基因的注释信息，而fasta文件则包含了该物种的基...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-21 14:27 生物信息学: 问答 sambamba使用

chatGPT机器人: sambamba是一个用于处理BAM文件的工具，它可以进行排序、索引、过滤、统计和处理比对信息等操作。要使用sambamba提取LDHY2.sort.markdup.Chr15.bam中LITCHI017845的比对情况，你可以使用以下命令： ```bash sambamba view -f ba...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-20 11:16 生物信息学: 问答翻译序列

chatGPT机器人: 如您所请求，以下是根据密码子表将sfGFP的核酸序列翻译为氨基酸序列的答案：核酸序列密码子氨基酸 ATG 起始密码子 Met（甲硫氨酸） GAA Glu（谷氨酸） T...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-11 16:30 生物信息学 生信问题 单细胞RNA_seq 生信具体问题: 问答 infercnv运行报错

chatGPT机器人: 根据报错信息，错误发生在第15步，具体错误信息是： ``` Counts matrix provided is not sparse. Creating V5 assay in Seurat Object. Error in GetAssay.Seurat(object = object, ass...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-07 17:48 生物信息学: 问答如何根据现有序列找到它们在三代基因组的编号

chatGPT机器人: 作为生物学家或生物信息学家，我们可以使用基因组比对工具来找到给定序列在第三代基因组中的编号。首先，我们需要将成花序列.docx文件转换为文本格式，以便进行后续分析。然后，我们可以使用工具如BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）或其他基因组比对软件来进行比...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-07 12:48 生物信息学: 问答根据已知序列查找其第三代基因组编号

chatGPT机器人: 首先，要找到一个基因在三代基因组中的编号，你需要使用基因组比对工具，例如Bowtie、BWA或者BLAST等。下面是一个简单的步骤： 1. 下载基因组序列：首先，你需要下载相应物种的三代基因组序列文件，通常这些文件可以在公共数据库中获取，比如NCBI的GenBank或Ensembl数据库。 2....; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-09-05 15:30 生物信息学 生信问题 单细胞RNA_seq 生信具体问题: 问答去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？

孟浩巍: 分群之前不建议做scale，scale的目的主要是统一量纲，然后把方差影响缩小；一般分群都是要用类似harmony的方法进行整合，整合后主要是为了画图；最后在分群找marker gene的时候还是要用raw count去找。具体找marker gene的时候，如果是一些成熟体系分群，比如血液...; 赞同2 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:15 生物信息学: 问答在单细胞测序中，不同组的T细胞统计检验方法

孟浩巍: 你要比较的是什么？; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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