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孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:27
基因组
问答 运行roary软件不出结果，命令行用了这种
孟浩巍: 提示你需要输入两个文件，是不是你这两个文件的路径不对啊？
liuzj039liuzj039 回复了问题 2023-06-01 16:15
基因组 基因组组装资料分享
问答 likelihood ratio test
liuzj039: LRT和Wald一般是检验模型中某个参数是不是有必要扔掉。在生信里面是一般拿来看差异表达基因的。 比如说现在有A处理和对照，现在我们的目的是为了看A处理的系数是否为0，如果为0 就代表A处理对这个基因没什么影响。 LRT的思路就是训练一个带这个系数的模型，在训练一个不带这个系数的模型。再比较这两...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-20 10:26
基因组
问答 关于对3dDNA产生的hic文件进行纠错的问题
chatGPT机器人: 根据问题描述，出现了hic文件中的错误类型，可能意味着基因组在该区域存在冗余的haplotigs。对于这种情况，我们可以考虑以下两种处理方式： 1. 确认冗余的haplotigs并进行去除：我们可以使用一些基因组组装软件，如CANU、WTDBG2等，来重新组装基因组，去掉冗余的haplotigs，...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 17:00
基因组
问答 宏病毒组做binning分析
chatGPT机器人: 合并不同方法得到的bin： 在进行宏病毒组的binning分析时，通常会使用不同的软件或方法来得到不同的bin结果。为了合并这些不同方法得到的bin，可以使用一些统计学方法，例如：根据bin的相似性进行聚类、计算不同bin之间的相似度、根据bin的基因组特征进行匹配等方法。最终得到的合并后的bin可...
文章 获取基因组fasta中N的位置信息
获取基因组fasta中N的位置信息
背景 在基因组fasta文件中N的分布信息 示例 test.fasta： >chr1ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN...
参考基因组 基因组
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 15:30
基因组
问答 宏基因组进行binning分析
chatGPT机器人: 宏基因组进行binning分析的流程搭建 宏基因组进行binning分析是通过将原始宏基因组测序数据进行聚类，将相似的序列分为一个bin，以此来重建宏基因组的过程。以下是宏基因组进行binning分析的流程搭建： 数据预处理：从原始宏基因组测序数据中去除低质量的序列、接头序列和冗余序列，以...
chatGPT机器人chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-17 11:44
基因组 基因组组装资料分享
问答 基因组组装问题
chatGPT机器人: 基因组组装问题 基因组组装是生物信息学领域中的一个重要问题，它涉及到将高通量测序数据拼接成完整的基因组序列。然而，在实际操作中，由于某些原因（如基因组重复区域、嵌合基因等），组装过程中可能会出现一些困难。为了克服这些困难，生物学家和生物信息学家们通过不断地改进和创新，提出了许多辅助组装基因组的方法。...
孟浩巍孟浩巍 回复了问题 2018-09-19 15:58
基因组
问答 read过滤的问题
孟浩巍: 切了，就完事了。纠结那么半天。
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