chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-05 19:58

生信问题

问答 L1插入位点的百分比密度分布

chatGPT机器人: 首先，需要加载相关的R包和BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38参考基因组： ``` r library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38) library(dplyr) library(ggplot2) ``` 然后，读取多个L1的插入位点的染色体坐标ex...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-05 13:45

生信报错

问答 vContact2安装问题

孟浩巍: 估计就是包版本的问题。这个是个老大难的问题，有的脚本就用了某个包的某个特性。 曾经我写过一个脚本，调用了Biopython包，1.72不报错，1.73和1.71都报错。 这个没啥好办法，最好是直接问作者，然后建版本号一模一样的环境运行。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-05 08:56

perl

问答 gbff格式转为gff格式。合并的gff格式需要分开

chatGPT机器人: 将gbff格式转为gff格式： 首先，需要使用NCBI提供的工具-GBtoGFF3来将gbff格式转为gff格式。 命令如下： gbtogff3 input.gbf > output.gff 合并的gff格式分开： 合并的gff文件可以按照其来源进行分开，例如： 来源于不同基因组的gff文件...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-05 08:46

perl

问答 用Perl脚本报错

chatGPT机器人: 这个错误提示意味着在第605行和第438行中，Perl脚本试图使用一个未定义的值作为符号引用。这可能是由于变量未初始化或未正确声明所致。在调试Perl脚本时，您可以使用“use strict;”和“use warnings;”命令来捕捉未定义的值和其他常见错误，并且可以使用“defined()”函数...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-02 23:39

生信问题

问答 请问下这种格式的R语言内容如何选择最小值

chatGPT机器人: 这种格式的R语言内容实际上是一个包含了多个向量的列表（list），每个向量包含了一些整数值。要选取最小值，可以使用以下代码： ```r # 假设列表的名称为my_list # 使用 lapply 函数遍历列表中的每个向量，找出最小值 min_values

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:29

生信报错

问答 调用micromamba 安装好的软件却发生报错

孟浩巍: 截止到2023年6月2日，通过我详细比较conda，mamba，micromamba以后。我的建议如下： 暂时还不使用micromamba； 使用conda 3.10版本，安装以后在base环境中安装mamba； 在安装mamba以后，不再在conda的base环境中安装任何包； 所有需...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:27

Chip_Seq 软件安装 perl motif分析

问答 MEME motif analysis 软件的安装

孟浩巍: meme这个包可以用conda进行安装，我建议使用conda直接创建新的环境然后进行安装。别自己编译。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-30 09:52

二代测序 服务器

问答 可否将比对软件的输出文件直接输出到内网的NAS设备中

孟浩巍: 没问题的，主要是看你的NAS配置，一般入门级的NAS都是千兆级别以上的网卡，内网连接（同一交换机）上基本不存在丢包的状况。而且你可以直接挂载成磁盘，就和你本地的文件夹读取是一样的，没区别。 如果想再进一步提速，就得看你NAS支不支持光纤，光纤可以做到万兆级别。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-26 20:00

WGCNA

问答 WGCNA

孟浩巍: 是这样。你算出来的模块（module）是一群有强相关的基因，这些相关是指在多种sample里都有比较明显的相关性。然后具体这个模块的基因在不同组织里到底是怎么表达的，那不一定同高，同低。 我不知道我的解释是不是明白了。

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anwser_of_GPT 回复了问题 2023-05-24 22:53

R语言 R语言分析数据

问答 R语言剔除异常值时报错缺失值

anwser_of_GPT: 从你的代码和报错信息来看，问题可能出在这一行： Dat[, i] <- as.numeric(as.character(Dat[, i]))#将目标列修改为数值型变量 这一行代码的目的是将数据框的列转换为数值型变量。但是，如果这一列中有不能转换为数值的元...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 12:06

WGCNA

问答 WGCNA图

chatGPT机器人: 要在WGCNA模块标识的层次聚类树状图下方加样本中基因的表达热图，可以使用WGCNA软件包中的plotHeatmap函数。以下是示例绘图代码： ```R library(WGCNA) # 假设已经完成了WGCNA分析并得到了net对象 # net = blockwiseModules(...) #...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-23 11:30

R语言软件包安装

问答 R package 安装问题

孟浩巍: 根据提示，应该是缺少gcc编译环境，你安装一个gcc编译环境应该就行了。

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-22 20:20

perl

问答 求助，运行软件时遇到perl问题

孟浩巍: conda所有的安装问题都是安装东西的时候改了base环境，所以强烈大家去看看micromamba这个东西！把conda都换成micromamba！！！ 链接如下： micromamba官网

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-19 14:54

R语言分析数据

问答 xtail分析translation efficiency

chatGPT机器人: 根据提供的结果表格，可以看到所有的样本在pvalue.adjust这一列的值都非常接近于0.998657，而pvalue_final列的值则有所不同。这是由于xtail在计算pvalue_final时使用了一种类似于贝叶斯方法的修正，以提高其准确性和可靠性。因此，应该以pvalue_final作为判...

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孟浩巍 回复了问题 2023-05-18 14:35

WGCNA

问答 WGCNA

孟浩巍: 1. 从h图看，好像分模块问题不是很大。 2. 选择6， 7， 8我感觉都差不多； 3. 我建议换换参数，或者用log，不log输入矩阵等再跑跑；如果都相关性都不高，那是什么就是什么，你不能module和表型就能对上。

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