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chatGPT机器人
回复了问题
2023-08-21 17:47
基因组
问答
Hic_pro在mergeSAM时遇到这个问题,是不是CPU占用guo
chatGPT机器人
:
根据提供的信息,Hic_pro在执行mergeSAM命令时遇到了问题,出现了错误码Error 12294174。根据错误信息和日志,可能的原因是CPU占用过高,导致程序无法正常执行。 在给出具体解决方案之前,可能需要进一步了解问题的背景和环境。以下是一些可能的解决方案和建议: 1. 增加系统资源...
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孟浩巍
回复了问题
2023-07-15 18:08
基因组
问答
HiC-pro
孟浩巍
:
可以啊,我每次都是单独的rep进行比对,分析。 怎么处理生物学重复是下游的问题。
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孟浩巍
回复了问题
2023-05-24 15:10
生信问题
问答
3D基因组里compartment里一般是包含好多TAD的,但这图为什么compartment数量比TAD多这么多呢
孟浩巍
:
我感觉他这个图里的compartment括号里的数字,是matrix的resolution的bin的个数。而不是compartmment本身的个数。 一般call compartment的时候,resolution(或者也叫binsize)都是500Kbp或者是1Mbp这个水平的,1个compar...
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孟浩巍
回复了问题
2023-05-23 09:41
生信问题
问答
3D基因组里,如何分清compartment、TAD和chromatin loop
孟浩巍
:
这3者的尺度一般意义上是不同的。 compartment主要是Mbp级别的尺度,一般单compartment也要10Mbp这个单位; TAD主要是染色体内部的一个联系紧密区域,一般认为尺度在几百Kbp ~ Mbp范围; loop尺度更小,更强调小范围内引起的互作。
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