16s rRNA分析中的标准化

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16s rRNA

首先，16s rRNA分析在得到OTU之后，常常分析alpha/beta diversity & 差异丰度分析，这里涉及一个标准化的问题。qiime2针对不同library size的样本采取的策略是rarefying，大概就是所有样本抽样到相同值。但有文章又说这种方法不好，所以我就看了下phyloseq软件。该软件推荐的标准化方法是deseq2，但软件作者提到alpha diversity不需要做标准化，而作者给的例子中beta diversity也没用到deseq2的标准化方法，只是将count转为了[url=https://www.baidu.com/link?url=OzHNnrYKd1jewm1dChdlj0H9XOiCO46dWCjU_9ukeY_oPhvDSl9hbKGNYCRqI2ryYGQ9chMw7WRz31CEteWkU-SokVtg1ZDKX-9kzJa6oD_&wd=&eqid=ab897f5500015d06000000035bb8c7b4]proportion[/url]。只是在差异丰度分析的例子中用到了deseq2。所以我的问题是，在做alpha/beta diversity需要标准化么？

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发布时间: 2018-10-06 22:35

更新时间: 2018-10-06 22:35

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