pacbio的bas.h5文件转为fastq后为啥变小了？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1610: 浏览

pacbio的bas.h5文件转为fastq后为啥变小了？

测序数据难道不应该尽量节省存储空间吗？为什么我把pacbio的bas.h5文件转为fastq文件后，反而变小了？bas.h5格式文件有什么优势吗?

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-25 14:20

h5格式是带原始信号的，fastq只有质量值和序列信息，当然小很多。

赞同 2 4评论

xsp 注册会员用户来自于: 俄罗斯
2018-09-28 08:45

我用vdb-dump解出来了PacBio的SRR1924430的完整的sra文件，emmm，内容很多，比fastq大很多，格式应该是同bas.h5相同或类似。一个sra文件大概能解出来十倍大的fastq(当然，不是我们熟知的fastq，我只是不知道应该管他叫啥，可能就是bas.h5吧)。如图 [attach]271[/attach] [attach]272[/attach]

赞同 1 0评论

关于作者

: xsp 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

2: 回答

0: 文章

4: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-25 14:17

更新时间: 2018-09-28 08:45

关注人数: 2 人关注

相关问题

怎么从ncbi上下载gbff格式的文件: 1810 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问UCSC上下载的参考基因组中这个文件是什么含义: 1118 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于对3dDNA产生的hic文件进行纠错的问题: 1546 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

两次运行同一个FQ文件产生的bam文件分析结果存在差异: 1598 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

两个samtools命令之间用管道连接，最后的输出文件被吞了。: 1141 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

assembly文件说明: 1294 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请问一下，我的噬菌体基因组fasta文件还是config打头的，是不是需要进一步拼接成scaffold？还是挑选最大的config进行后续分析？: 1262 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

麻烦问下，转录组差异分析，我需要筛掉比对率低的bam文件或者外显子比对率的样本吗: 1764 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

含有2个重复的Chip-seq的bw文件的展示: 1345 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

GAPIT包导出的GWAS结果如何添加新的阈值线？以及GAPIT的结果文件中的nobs、H&B.P.Value、Effect分别是什么意思？: 2010 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025