请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

2: 关注

4102: 浏览

请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

好问题 0 评论收藏举报

usertq 初级会员用户来自于: 上海市杨浦区
2023-08-10 17:04

chatgpt写的有些繁琐，直接
```
samtools mpileup demo.bam > demo.mpileup

```
demo.mpileup，每列分别为：chr，pos，ref（不用-f选项会显示N），深度(Number of reads covering this position)，碱基，碱基对应的质量。
具体堆积文件的格式见 samtools-mpileup(1) manual page (htslib.org)

这种堆积文件一般作为后面bcftool call或者varscan call的输入文件，或者是用来统计bam平均深度之类。

如有错误，还请指教。

赞同 2 1评论

关于作者

: m_c101dc02f446cf5872a522aeb243f264 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

3: 问题

问题动态

发布时间: 2023-08-08 17:34

更新时间: 2023-08-10 17:04

关注人数: 2 人关注

相关问题

双端测序的sra文件，经过fastq-dump --split-3，出现3个结果是什么原因？如下图: 2248 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

HTseq gtf文件的选择: 2546 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

fastsimcoal群体历史动态模拟bootstrap时的maxL.par文件设置: 2944 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

麻烦问下，转录组差异分析，我需要筛掉比对率低的bam文件或者外显子比对率的样本吗: 2721 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？: 2948 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

pacbio的bas.h5文件转为fastq后为啥变小了？: 2462 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

请问下这种格式的R语言内容如何选择最小值: 2290 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何使用wget命令下载“清华云盘”内的文件: 5149 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

请问一下大家生物信息学的生物学具体应用: 2064 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

bioPython1.72版本怎么安装，我在Python子文件夹里找到Bio和bioPython1.72.dist-info，可在Python界面就是导不入，有没有大神解答一下: 1535 浏览 0 关注 0 回答 0 评论

请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？

0 评论

1 评论

关于作者

问题动态

相关问题

推荐内容