聚类分析问题 - 做专业的生信问答网站

登录

2: 关注

2699: 浏览

聚类分析问题

生信具体问题

使用共识聚类、NMF聚类以及K-means聚类分析时，以分析患者表达亚型为目的，应该将行作为样本列作为基因还是将行作为基因列作为样本？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-07-14 15:56

根据聚类分析的目的是分析患者表达亚型，应该将行作为样本、列作为基因进行分析。在共识聚类中，我们通过对多次聚类结果进行集成来得到一个共识聚类结果。每次聚类实验的结果都是对样本进行分组，因此将行作为样本可以更直接地对患者进行聚类分析。 NMF聚类（Non-negative Matrix Factorization）是一种基于矩阵分解的聚类方法，它将数据矩阵分解为两个非负矩阵，其中一个矩阵代表样本的特征，另一个矩阵代表基因的贡献。因此，将行作为样本、列作为基因可以更好地应用NMF聚类方法。 K-means聚类是一种基于样本之间距离的聚类方法，通过计算样本之间的距离来将它们分组。将行作为样本、列作为基因可以更方便地计算样本之间的距离，并进行K-means聚类分析。因此，为了分析患者表达亚型，应该将行作为样本、列作为基因进行共识聚类、NMF聚类和K-means聚类分析。

赞同 0 0评论

关于作者

: liuyujie 注册会员
电风扇

0: 回答

0: 文章

41: 问题

问题动态

发布时间: 2023-07-14 15:54

更新时间: 2023-07-15 18:11

关注人数: 2 人关注

相关问题

普通转录组的跨物种分析: 2683 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

请问一下，我的噬菌体基因组fasta文件还是config打头的，是不是需要进一步拼接成scaffold？还是挑选最大的config进行后续分析？: 1779 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题: 4033 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

使用lapa进行APA分析: 2117 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

deeptools对ChIP-seq可视化中bw文件的选择问题？: 2104 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

方差分析: 1708 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

求助，运行软件时遇到perl问题: 2378 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

根据基因表达做生存分析OS取出最合适的cutoff: 1331 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问题：如何筛选WGCNA分析得出的consensus module中的hub基因？: 2429 浏览 2 关注 1 回答 1 评论

关于生存分析的问题: 1176 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

推荐内容

问信号通路特征基因集的查询？用于作ssGSEA分析。: 1964 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Protein-Protein Docking 膜蛋白受体研究: 2232 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问蛋白保守序列分析: 1582 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问全基因组关联分析结果与模型选择: 1855 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 IOBR包输入基因表达矩阵要求: 1945 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问群体内同源基因的所有变异: 1676 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问动态库存在但调用报错问题: 1977 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？: 2631 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 GAPIT包导出的GWAS结果如何添加新的阈值线？以及GAPIT的结果文件中的nobs、H&B.P.Value、Effect分别是什么意思？: 2774 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 2349 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025