聚类分析问题 - 做专业的生信问答网站

登录

2: 关注

3301: 浏览

聚类分析问题

生信具体问题

使用共识聚类、NMF聚类以及K-means聚类分析时，以分析患者表达亚型为目的，应该将行作为样本列作为基因还是将行作为基因列作为样本？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-07-14 15:56

根据聚类分析的目的是分析患者表达亚型，应该将行作为样本、列作为基因进行分析。在共识聚类中，我们通过对多次聚类结果进行集成来得到一个共识聚类结果。每次聚类实验的结果都是对样本进行分组，因此将行作为样本可以更直接地对患者进行聚类分析。 NMF聚类（Non-negative Matrix Factorization）是一种基于矩阵分解的聚类方法，它将数据矩阵分解为两个非负矩阵，其中一个矩阵代表样本的特征，另一个矩阵代表基因的贡献。因此，将行作为样本、列作为基因可以更好地应用NMF聚类方法。 K-means聚类是一种基于样本之间距离的聚类方法，通过计算样本之间的距离来将它们分组。将行作为样本、列作为基因可以更方便地计算样本之间的距离，并进行K-means聚类分析。因此，为了分析患者表达亚型，应该将行作为样本、列作为基因进行共识聚类、NMF聚类和K-means聚类分析。

赞同 0 0评论

关于作者

: liuyujie 注册会员
电风扇

0: 回答

0: 文章

41: 问题

问题动态

发布时间: 2023-07-14 15:54

更新时间: 2023-07-15 18:11

关注人数: 2 人关注

相关问题

使用fastp软件对fastq文件质控的问题: 3820 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

转录组测序问题: 3431 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

chipseq分析，利用deeptools的computeMatrix reference-point画样本的peak center信号图: 4471 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

请教多个scRNA样本整合问题: 3284 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于Cytoscape插件ClueGO的问题: 2457 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

服务器与终端的字符编码问题: 2051 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

求助一个shell脚本问题: 2717 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

新人求教关于测序以及免疫的问题: 2194 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

宏基因组进行binning分析: 3405 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

DoubletfFinder Pk值相关计算的问题: 3195 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问群体结构矫正: 2600 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？: 3978 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 prokka数据库更新: 2826 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问蛋白保守序列分析: 2052 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问信号通路特征基因集的查询？用于作ssGSEA分析。: 2433 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？: 4622 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 Protein-Protein Docking 膜蛋白受体研究: 2784 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 GAPIT包导出的GWAS结果如何添加新的阈值线？以及GAPIT的结果文件中的nobs、H&B.P.Value、Effect分别是什么意思？: 3438 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类: 3080 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问群体内同源基因的所有变异: 2127 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2026