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ChIP-seq测序深度

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-06-17 16:19
首先,ChIP-seq测序深度是影响结果的重要因素之一,因为深度越高,越能够检测到低丰度的信号。因此,如果敲低组和WT的深度差异太大,可能会导致在标准化过程中出现偏差,从而得到与实验结果相反的现象。 一种解决方法是通过随机减少敲低组的文库大小来平衡深度差异。这可以通过使用软件如picard或samtools来实现,以随机选择一些reads进行过滤,从而达到所需的文库大小。但需要注意的是,这可能会引入一些噪声,因此需要谨慎使用。 关于为什么公司返回的数据中,敲低组和WT的大小差异如此之大,可能是由于样品处理过程中出现的技术问题或者实验设计上的差异导致的。在实验设计上,可能需要重新评估样品的质量和数量,以确定是否需要调整测序深度。此外,也可以尝试与公司进行沟通,以确定是否存在技术问题,例如测序过程中的质量控制和数据处理等方面。 总之,针对ChIP-seq测序深度问题,需要综合考虑多种因素,并根据实际情况采取相应的措施来解决。

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发布时间
2023-06-17 16:14
更新时间
2023-11-28 15:05
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老铁们,我想问下,如果homer找到了motif1,那我有可能反过来知道哪些peak含有motif1么。
是不是单细胞的chip-seq,cut run这些call peak是不需要对照的,我看代码里没有-c.所以Rna-seq的峰图也是不需要control来call peak的吗?
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