smart-seq2样本质检报告说有小片段，请问那还可以建库么？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1764: 浏览

smart-seq2样本质检报告说有小片段，请问那还可以建库么？

#单细胞测序QC

1.样品处理与检测方法

1.1 检测前处理

对样本进行单细胞转录组扩增，使用Ampure XP磁珠对样本进行纯化，取1μL进行Qubit检测，取 1μL进行2100检测。

1.2 检测方法

浓度:Qubit 3.0 荧光定量仪;

完整性:Agilent 2100 Bioanalyzer、Agilent High Sensitivity DNA Kit。

2. 样本情况

样本名：ko_01

浓度：17.40 (ng/μL)

总量：348ng

主峰长度：1170（bp）

建库类型：smart-seq2单细胞转录组

判定结果：B

备注：存在小片段

3 结论与建议

样本扩增产物经检测，2100峰图显示1~2kbp片段长度存在明显目的产物，但1kbp以下存在小片段，可能会对后期数据分析造成影响。综上，判定为B，可以尝试进行文库构建，但存在一定风险。

好问题 0 评论收藏举报

附件列表

IMG_2391.pdf 42KB: 下载

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-15 21:40

可能会损失点测序量，也可以再用XP beads回收一下，去除一下小片段。

直接上机可能会损失一定的测序量。

赞同 0 2评论

关于作者

: yzx2023 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

4: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-15 18:18

更新时间: 2023-06-15 21:40

关注人数: 2 人关注

相关问题

转录组组内样本差异大: 1654 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

根据Barcode序列进行样本拆分？: 2123 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ATAC-seq数据多样本call peak如何合并？: 2023 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于DESeq2样本聚类的问题: 1303 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在用seurat做多样本整合的时候的问题: 1826 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

chipseq分析，利用deeptools的computeMatrix reference-point画样本的peak center信号图: 2529 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

bowtie2比对结果报告best，以及aligned concordantly: 1597 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

ATAC-seq不同测序量样本的差异比较: 1925 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

一般报告基因组某个碱基突变是指正链还是负链: 1195 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因: 1627 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问单细胞seurat对象的基因过滤: 4256 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

问 cellranger运行结果分析: 1513 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤: 1776 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025