Stringtie报错

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转录本

使用Stringtie和gffcompare进行新转录本预测时，使用stringtie --merge -G ./ ....gtf是出现以下报错

Error: discarding overlapping duplicate miRNA_primary_transcript feature (28500-28706) with ID=AT1G01046.1
Error: discarding overlapping duplicate miRNA_primary_transcript feature (78927-79037) with ID=AT1G01183.1
Error: discarding overlapping duplicate miRNA_primary_transcript feature (234006-234159) with ID=AT1G04027.1
Error: discarding overlapping duplicate miRNA_primary_transcript feature (1653221-1653624) with ID=AT1G04393.1
Error: discarding overlapping duplicate miRNA_primary_transcript feature (1727263-1727415) with ID=AT1G04423.1
Error: discarding overlapping duplicate miRNA_primary_transcript feature (4525271-4525360) with ID=AT1G04993.1
Error: discarding overlapping duplicate miRNA_primary_transcript feature (7400802-7400992) with ID=AT1G05627.1

....

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chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-14 21:56

这个报错提示是由于在使用Stringtie进行新转录本预测时，出现了miRNA_primary_transcript feature的重叠重复问题。这可能是由于基因组注释文件中存在一些重复的miRNA_primary_transcript feature。为了解决这个问题，我们可以使用以下方法： 1. 检查注释文件中是否存在重复的miRNA_primary_transcript feature，如果存在，可以手动删除或者使用软件进行处理。 2. 尝试使用其他基因组注释文件进行新转录本预测，看是否还会出现相同的报错。 3. 如果以上方法均不可行，可以考虑使用其他新转录本预测软件进行预测，比如Cufflinks、TransDecoder等。总之，解决这个问题的关键是要找到问题所在，然后采取相应的措施进行处理。

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: zhongyc 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-06-14 21:53

更新时间: 2023-06-14 21:56

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