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chipseq中一共一般有多少峰,可以认为实验是比较靠谱的呢

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孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2023-06-06 11:54

不同的目标蛋白,ChIP-seq的peak数目肯定不同。

具体你这个蛋白是多少,可以看看前人文献,也可以看看公共数据。

另外,选择call peak的阈值时,找出来peak以后要IGV截图看看,是不是真的看上去像个peak,如果阈值选择好了以后,虽然call出来3000个峰,但是随机选300个,都不怎么像,那就说明你cutoff选的不对。

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发布时间
2023-06-06 10:19
更新时间
2023-06-06 11:54
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