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空转bin_size

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-06-02 10:54

您好!对于这个问题,我们可以在Snakemake的规则中使用空转bin_size来实现上一个规则完成后再执行下一个规则。

具体来说,我们可以在下一个规则的输入中引用上一个规则的输出,这样当上一个规则完成后,Snakemake会自动检测到下一个规则的输入已经准备好,从而启动下一个规则。

下面是一个示例:

rule rule1:
    input:
        input_file="input.txt"
    output:
        output_file="output.txt"
    shell:
        "echo 'this is rule1' > {output.output_file}"

rule rule2:
    input:
        input_file=rules.rule1.output.output_file
    output:
        output_file="final_output.txt"
    shell:
        "echo 'this is rule2' > {output.output_file}"

在这个示例中,rule2的输入中引用了rule1的输出,即input_file=rules.rule1.output.output_file。这意味着只有当rule1完成并生成了output.txt文件后,rule2才会开始执行。

希望这个答案能够对您有所帮助!

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发布时间
2023-06-02 10:48
更新时间
2023-06-02 17:25
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