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Chip-seq bam文件的处理

chip-seq H3K3ac数据进行处理后的bam文件，比对到参考基因组前的 trim_galore 这部分的质控标准怎么把控呀，我的参数是

trim_galore --path_to_cutadapt /home/data/t090401/.local/bin/cutadapt -j 5 -q 25 --phred33 --length 25 -e 0.1 --stringency 4 -o ./ /home/data/t090401/chip-seq/2.raw_fastq/SRR1019530.fastq

这里的处理要根据fastqc结果做灵活更改吗，对于enhancer的鉴定，fastqc结果红色报错哪一部分需要慎重对待呢

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查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-30 09:56

现在的测序质量都很高，基本上不用做之前那种trim操作，就直接cut adapter序列之后比对即可。

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关于作者

: Zed999 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-05-29 15:02

更新时间: 2023-05-31 22:18

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