Chip-seq bam文件的处理 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

3416: 浏览

Chip-seq bam文件的处理

chip-seq H3K3ac数据进行处理后的bam文件，比对到参考基因组前的 trim_galore 这部分的质控标准怎么把控呀，我的参数是

trim_galore --path_to_cutadapt /home/data/t090401/.local/bin/cutadapt -j 5 -q 25 --phred33 --length 25 -e 0.1 --stringency 4 -o ./ /home/data/t090401/chip-seq/2.raw_fastq/SRR1019530.fastq

这里的处理要根据fastqc结果做灵活更改吗，对于enhancer的鉴定，fastqc结果红色报错哪一部分需要慎重对待呢

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-05-30 09:56

现在的测序质量都很高，基本上不用做之前那种trim操作，就直接cut adapter序列之后比对即可。

赞同 0 2评论

关于作者

: Zed999 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

17: 问题

问题动态

发布时间: 2023-05-29 15:02

更新时间: 2023-05-31 22:18

关注人数: 2 人关注

相关问题

fastsimcoal群体历史动态模拟bootstrap时的maxL.par文件设置: 2951 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

从多个.fa文件中提取以“poptri.”开头的蛋白序列: 1791 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何使用wget命令下载“清华云盘”内的文件: 5160 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

bash命令，遍历并区分“目录/文件”的问题: 3279 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

使用MAS5.0处理过的芯片数据，能不能直接取对数后用limma包找差异表达基因，为什么不能？: 2244 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

两次运行同一个FQ文件产生的bam文件分析结果存在差异: 2453 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

两个samtools命令之间用管道连接，最后的输出文件被吞了。: 1801 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

基因组文件中chrUn具体是什么意思呢: 1624 浏览 0 关注 0 回答 1 评论

Linux下，通过循环批量拷贝文件。: 2178 浏览 3 关注 2 回答 1 评论

使用fastp软件对fastq文件质控的问题: 3355 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问验证数据集基因名称: 2079 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 linux软件安装: 2038 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 bowtie2比对报错: 3307 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 WES数据下游分析和可视化结果展示: 2928 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 TWAS联合PWAS做 conditional analysis: 2220 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问去除数据中特异值的方法: 2585 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集？: 3452 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 fusion TWAS 结果报错NA: 2759 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ROSE包分析Super Enhancer: 2693 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 narrowPeak中的qvalue可否用于信号强弱的参数: 2572 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025