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参考基因组添加外源基因序列进行比对

我在进行单细胞测序的时候，想区分不同来源的肿瘤细胞，因此在一类细胞中外源导入GFP，另一类中导入Luciferase，且我已知这些基因的序列。在完成测序并获得原始数据后，是否应该在参考基因组中添加这一列外源基因的序列进行index和比对？如果理论上可行的话，实际应该如何操作？直接在fa文件中添加新的chr和序列吗？请大家帮我出出主意，谢谢！

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ForceAres 初级会员用户来自于: 江苏省镇江市
2023-05-24 15:50

https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/using/tutorial_mr#marker

cellranger的官方教程，重新制作的fa和gtf理论可以用于任何测序数据

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: Lucas230523 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

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发布时间: 2023-05-23 15:38

更新时间: 2023-05-24 15:50

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