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blastp后,我想提取score的序列,请问使用python应该怎么写这个脚本
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blastp后,我想提取score的序列,请问使用python应该怎么写这个脚本
blast
系统是centos,python版本是2.7,第一列是我进行比对的主体,第二列是比对的另外四个物种,最后一列是蛋白比对的得分,现在我想要将spaf每个蛋白对应四个物种每个物种的蛋白最高得分那一行分别提取出来,请问使用python应该怎么编写这个脚本
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孟浩巍
超级管理员
用户来自于: 北京市
2018-09-21 11:31
问题描述很清楚呀!我给你提供一个思路吧: 1. 建立dict, key是你的蛋白名,value 是一个list,长度为4 对应你的4个物种,里面需要存储你的分数值和蛋白名; 2. 开始循环,获得蛋白名,然后获得这个蛋白名对应的list,根据物种来比较分数,如果分数值大于list中存的分数就替换; 3. 结束循环,打印dict
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生信撰
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这家伙很懒,还没有设置简介
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2018-09-21 11:17
更新时间
2018-09-21 11:31
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