如何筛选小鼠lncRNA? - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

742: 浏览

如何筛选小鼠lncRNA?

目前在处理小鼠的胚胎时期数据，通过tophat2和cufflink、cuffmerge之后得到各个样本的gtf文件，我该如何知道哪些是lncRNA呢？在网上查询到的解答是通过CPC等软件进行预测，但是实验室的师兄告诉我小鼠的lncRNA已经被注释的差不多了，预测出来的不准，我下一步该如何挑出已知的lncRNA啊？求助！

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-12 09:21

lncRNA 在一些物种里已经注释很多了，比如human，比如mouse。我觉得比对的时候选择Ensembl的注释文件可能会更好，因为里面注释和很多lncRNA。同时，你需要关注一些lncRNA的database： [url]http://www.noncode.org/[/url] [url]http://www.lncrnadb.org/[/url]

赞同 1 0评论

关于作者

: ProlexA 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-12 00:19

更新时间: 2018-09-12 09:21

关注人数: 2 人关注

相关问题

通过富集得到了一些信号通路，我想看看这些通路里哪些是和癌症相关的，如何实现呢？: 1011 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

请问有谁知道这张图是如何绘制的吗，在NCBI的Conserved Domians模块没找到可以直接导出的地方: 725 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤: 1042 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

有台Dell工作站，如何配置成服务器: 729 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

SOAPdenovo-Trans 组装的 contig 如何获得 gene_trans_map: 550 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

在riboseq分析中，如何对没有起始密码子和终止密码子的转录本进行三碱基准确性分析？: 711 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何使用wget命令下载“清华云盘”内的文件: 2291 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何提取可变剪切位点？: 864 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

linux 中less -S 如何查看过长被遮盖的内容: 1140 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何下载指定文献的原始数据？？: 753 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问基因本体论分析上下调基因差异: 519 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问根据GFF和fasta等文件提取某一基因的ATG位点信息，比如具体的位置？: 987 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 smORF的鉴定方法: 675 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问请问在不考虑测序质量的情况下，如何根据bam文件获得比对到指定position的碱基？: 1285 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问关于几个数据库对GO注释的疑问: 832 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于GO分析的问题: 680 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于蛋白质文件的疑问: 800 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框: 777 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于基因对某种疾病的影响的问题: 555 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 annovar建立非模式物种注释库后怎么分析: 641 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024