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deeptools对ChIP-seq可视化中bw文件的选择问题？

deeptools. ChIP_seq

请问一下，bw文件文件使用比对后去重复的bam文件转换得到的bw文件还是macs2结果中的peak的bw文件去做可视化呢？

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-31 11:41

bw是bigwig文件，里面包含了genome上每个稳点的覆盖情况，一般是从BAM文件转换到bw文件。如果是做全genome的可视化以及质控，比如衡量是否富集，衡量相关性等等，我建议用全genome的bw去做。

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发布时间: 2018-08-31 11:31

更新时间: 2018-08-31 11:41

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