deeptools对ChIP-seq可视化中bw文件的选择问题？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

810: 浏览

deeptools对ChIP-seq可视化中bw文件的选择问题？

deeptools. ChIP_seq

请问一下，bw文件文件使用比对后去重复的bam文件转换得到的bw文件还是macs2结果中的peak的bw文件去做可视化呢？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-31 11:41

bw是bigwig文件，里面包含了genome上每个稳点的覆盖情况，一般是从BAM文件转换到bw文件。如果是做全genome的可视化以及质控，比如衡量是否富集，衡量相关性等等，我建议用全genome的bw去做。

赞同 0 1评论

关于作者

: qliu 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

4: 回答

0: 文章

2: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-31 11:31

更新时间: 2018-08-31 11:41

关注人数: 2 人关注

相关问题

RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集？: 1431 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

亲问大家有没有chip-seq入门相关的教程？: 1115 浏览 5 关注 5 回答 0 评论

是不是单细胞的chip-seq，cut run这些call peak是不需要对照的，我看代码里没有-c.所以Rna-seq的峰图也是不需要control来call peak的吗？: 693 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

SMRT三代测序Blasr结果coverage的分析以及可视化？: 744 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

WES数据下游分析和可视化结果展示: 1336 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？: 1019 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

ChIP-seq测序深度: 1017 浏览 2 关注 2 回答 1 评论

chip-seq 绘制bed 文件区域的 h3k27ac等修饰的信号强度图: 726 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

Chip-seq bam文件的处理: 1418 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

ChIP-Seq deeptools热图信号比较为啥一般不做统计检验比较？: 1134 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 ChIP-Seq deeptools热图信号比较为啥一般不做统计检验比较？: 1134 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 chip-seq 绘制bed 文件区域的 h3k27ac等修饰的信号强度图: 726 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问含有2个重复的Chip-seq的bw文件的展示: 737 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024