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老铁们，我想问下，如果homer找到了motif1，那我有可能反过来知道哪些peak含有motif1么。

Chip_Seq

老铁们，我想请问下如果我利用macs2得到的peak文件去找到了motif1,2,3。那我能否有办法知道motif1,2,3对应的是bed文件中的哪些peak。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-30 16:52

我提供一个思路哈，不一定是最简单的办法： 1. 将bed里面的region注释上genome序列，可以使用R里面的BSgenome进行； 2. 在bed里面进行搜索motif序列，可以使用R里面的Biostring进行；

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发布时间: 2018-08-30 16:29

更新时间: 2023-05-21 14:07

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