老铁们，我想问下，如果homer找到了motif1，那我有可能反过来知道哪些peak含有motif1么。 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

0: 关注

1719: 浏览

老铁们，我想问下，如果homer找到了motif1，那我有可能反过来知道哪些peak含有motif1么。

Chip_Seq

老铁们，我想请问下如果我利用macs2得到的peak文件去找到了motif1,2,3。那我能否有办法知道motif1,2,3对应的是bed文件中的哪些peak。

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-30 16:52

我提供一个思路哈，不一定是最简单的办法： 1. 将bed里面的region注释上genome序列，可以使用R里面的BSgenome进行； 2. 在bed里面进行搜索motif序列，可以使用R里面的Biostring进行；

赞同 1 2评论

关于作者

: 城管大队哈队长 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

6: 回答

0: 文章

6: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-30 16:29

更新时间: 2023-05-21 14:07

关注人数: 0 人关注

相关问题

是不是单细胞的chip-seq，cut run这些call peak是不需要对照的，我看代码里没有-c.所以Rna-seq的峰图也是不需要control来call peak的吗？: 2286 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

含有2个重复的Chip-seq的bw文件的展示: 2040 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

H3K27me3这种宽peak怎么找差异？: 2356 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

怎么对基因启动子含有什么元件进行分析: 2219 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ATAC-seq数据多样本call peak如何合并？: 3519 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

annotatePeak peak基因组注释: 3208 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

narrowPeak中的qvalue可否用于信号强弱的参数: 2570 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

请教一个问题，一个转录因子TF只会调控位于同一条链的基因，还是有可能调控反义链的基因？: 2599 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

chipseq分析，利用deeptools的computeMatrix reference-point画样本的peak center信号图: 3941 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

macs2进行peak calling: 3130 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 bivalent domains 如何计算: 3090 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 chromosome名称转换: 2062 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 Chip-seq bam文件的处理: 3413 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 ROSE包分析Super Enhancer: 2693 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 RIP-seq有没有类似ChIP-seq的blacklist region合集？: 3449 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 ChIP-seq的IP的比对率低的可能原因: 3313 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问是不是单细胞的chip-seq，cut run这些call peak是不需要对照的，我看代码里没有-c.所以Rna-seq的峰图也是不需要control来call peak的吗？: 2286 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ROSE算法寻找SEs: 2079 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 CUT&TAG 的GC含量异常: 1950 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ChIP-Seq deeptools热图信号比较为啥一般不做统计检验比较？: 3315 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025