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Monocle3绘制自定义轨迹错误

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-09-27 10:18
根据您提供的错误信息,您在使用Monocle3绘制自定义轨迹时遇到了错误。具体来说,您在运行`order_cells(cds)`命令选择自定义节点后,运行`plot_cells(cds,color_cells_by="pseudotime")`时报错如下: `Error in value[[3L]](cond) : No pseudotime for UMAP calculated. Please run order_cells with reduction_method = UMAP before attempting to color by pseudotime.` 这个错误的原因是您在使用`plot_cells`函数时选择了`color_cells_by`参数为"pseudotime",但是在此之前没有使用`order_cells`函数计算UMAP降维后的伪时间信息。所以,在尝试使用伪时间进行着色之前,您需要先使用`order_cells`函数并指定`reduction_method`参数为"UMAP",以计算UMAP降维后的伪时间信息。 您可以在`order_cells`函数后添加以下代码来计算UMAP降维后的伪时间信息: ```R order_cells(cds, reduction_method = "UMAP") ``` 然后,您可以使用`plot_cells`函数进行绘图,指定`color_cells_by`参数为"pseudotime": ```R plot_cells(cds, color_cells_by = "pseudotime", label_cell_groups=FALSE, label_leaves=FALSE, label_branch_points=FALSE, graph_label_size=1.5, group_label_size=4, cell_size=1.0) ``` 这样就可以正确地使用伪时间进行着色了。 希望这个解答对您有帮助!

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发布时间
2023-09-27 10:14
更新时间
2023-09-27 11:35
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