有关异染色质，最近发现两种不同的观点：
1、异染色质特指端粒、着丝粒、rDNA区域，占比大约是200M/3G（hg），也就是不到10%，异染色质并不等同于染色质非活跃区（https://bionumbers.hms.harvard.edu/files/DNA%20content%20of%20human%20chromosomes.pdf）；
2、异染色质就是Compartment B，或者说Compartment B是异染色质，例如（https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx802）在Introduction中提到了“the B compartment corresponds to the heterochromatin regions associated with the nuclear lamina and nucleolar”；（https://www.nature.com/articles/s41467-021-22666-3）中Fig1下面的段落中提到“heterochromatin mark H3K9me3 in B.2.1 and B.2.2”（Kimura, 2013中曾经说H3K9me3 is broadly distributed on inactive regions）；（doi: 10.3389/fmolb.2023.1168562）中也提到“H3K9me3—Histone 3 Lysine 9 tri-methylation is a chromatin modification typically associated with heterochromatin”，还有很多文献这里就不再赘述。我曾经计算过多个细胞系中Compartment B的占比都不低于20%，所以和观点1中说的比例也对不上
综上，我有点迷茫，异染色质到底是不是等同于Compartment B？还是说Compartment B仅是基因转录非活跃区（也就是说不一定是大尺度大片段）？对于第一个观点，是否还有其他证据？对于Compartment B究竟什么样子的描述才是准确的？求大佬指点！感激不尽！
2 回答
严格意义上的异染色质就是指端粒、着丝粒，rDNA区域，这些就是不到10%
后来，随着测序技术的发展，发展了ChIP-seq技术，尤其是组蛋白ChIP-seq，然后就根据组蛋白ChIP-seq信号定义了“开放”和“抑制”。其中开放常用的一些marker有什么active promoter，enhancer之类的，都是用组蛋白定义。相应的，也有用组蛋白去定义染色质抑制区的。
后来这个染色质开放区和抑制区发现和Hi-C的compartment是非常明显的相关，一般B对应抑制区域。
再后来，一些不严格的用法，就是把异染色质和染色质的抑制区域混用了，也就是现在这样。
但非常严格的定义，还应该是染色质不活跃区/染色质抑制区，而不是异染色质。
