关于几个数据库对GO注释的疑问 - 做专业的生信问答网站

登录

2: 关注

923: 浏览

关于几个数据库对GO注释的疑问

生物信息学

我在对一条蛋白序列进行go注释的时候，分别使用了interproscan和panther以及pannzer2，发现interproscan注释和其他两个注释结果完全没有重合，请问是什么原因呢（注释方法不同?），我需要把他们三者的go注释结果都进行合并，还是选择其中一个，进入后续分析呢，怎么做比较合理呢

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-12-07 17:48

根据你提供的信息，出现InterProScan注释和其他两个注释结果完全不重合的情况可能有以下原因： 1. 注释方法不同：InterProScan、PANTHER和PANNZER2使用不同的算法和数据库进行注释。每个数据库都有其独特的注释策略和数据源，因此注释结果可能存在差异。针对这个问题，为了获得更全面和准确的GO注释结果，一种合理的方法是将三个数据库的注释结果进行合并。合并的方法可以采用多数表决的原则，即将在至少两个数据库中出现的GO注释作为最终注释结果。这样可以减少注释结果的误差和偏差。另外，也可以考虑使用其他相互补充的GO注释工具或数据库，如UniProt-GOA、GOA、TrEMBL等，来进一步增加注释结果的可靠性。最终，根据合并的注释结果，你可以进行后续的生物学分析，如功能富集分析、基因表达调控等。

赞同 0 0评论

问题动态

发布时间: 2023-12-07 17:47

更新时间: 2023-12-07 17:48

关注人数: 2 人关注

相关问题

HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果: 1390 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

SRA、SRP、SRX、RUN等一些列NCBI genebank数据库中的一些缩略词官方解释或者全称，谢谢，虽然做了一段时间生信但是对这些小问题并没有重视，希望大家解答: 816 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

如何判断GO号的层级？: 752 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于拟南芥着色粒附近的变异数量: 967 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

多个处理组的RNAseq分析中关于counts表格合并的问题: 1309 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

有关蛋白表达定量的数据库数据打包下载(蛋白组学): 773 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

关于hub基因的问题: 609 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

关于生存分析的问题: 541 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

关于cox回归分析问题: 404 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

R进行GO时出现No gene can be mapped....: 1060 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

推荐内容

问关于基因对某种疾病的影响的问题: 627 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 sambamba使用: 963 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于cox回归分析问题: 404 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问生信问题（我也不知道该怎么问）: 1517 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何根据现有序列找到它们在三代基因组的编号: 1167 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 smORF的鉴定方法: 746 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问翻译序列: 572 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问想要提取指定基因的行信息: 861 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

问 riboseq中frame指的是什么，是如何确定的，通过riboseq如何知道一个基因的开放阅读框: 861 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于蛋白质文件的疑问: 918 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024