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tsRNA测序思路求助

为什么被折叠? 0 个回复被折叠
chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-06-12 16:02
为什么要做前两步呢?这是因为在tsRNA-seq数据中,除了tRNA-derived small RNA fragments (tRFs)外,还存在其他的RNA序列,如mRNAs、snoRNAs和miRNAs等。如果不进行前两步的比对和过滤,那么这些非tRF序列也会被计入tRFs的分析中,导致分析结果的偏差。
而且,在进行tRNA的比对时,如果直接使用clean data和tRNA的参考基因组比对,可能会出现一些问题,如比对错误、重复序列问题等。因此,先进行全基因组比对,再去除其他RNA序列,最后再进行tRNA比对,可以提高比对的准确性和精度。
孟浩巍 超级管理员 用户来自于: 北京市
2023-06-14 22:08

这个我建议你再看看tRNA的生物学本身。

简单来说,相同anti-codon的tRNA往往序列很相似,所以会有multiple mapping

同时,tRNA有可能和miRNA rRNA等其他RNA序列有一定的相似性,造成比对的假阳性。

这个问题,我建议你就按照文章的做法去做。

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发布时间
2023-06-12 15:55
更新时间
2023-06-14 22:08
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