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tsRNA测序思路求助

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tsRNA-seq做比对过程中

分析的思路参考的本篇文献：tRF2Cancer: A web server to detect tRNA-derived small RNA fragments (tRFs) and their expression in multiple cancers

https://academic.oup.com/nar/article/44/W1/W185/2499378?login=true

文章part2的分析思路为：

1.比对人全基因组，删去未比对上的序列。

2.接着比对mRNAs snoRNAs miRNAs，然后去掉这些比对上的序列。

3.最后比对tRNA gene，得到目标序列。

提问：为什么要做前两步？直接用cleandata和tRNA的参考基因组比对为什么不行？

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2 回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-12 16:02

为什么要做前两步呢？这是因为在tsRNA-seq数据中，除了tRNA-derived small RNA fragments (tRFs)外，还存在其他的RNA序列，如mRNAs、snoRNAs和miRNAs等。如果不进行前两步的比对和过滤，那么这些非tRF序列也会被计入tRFs的分析中，导致分析结果的偏差。

而且，在进行tRNA的比对时，如果直接使用clean data和tRNA的参考基因组比对，可能会出现一些问题，如比对错误、重复序列问题等。因此，先进行全基因组比对，再去除其他RNA序列，最后再进行tRNA比对，可以提高比对的准确性和精度。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-14 22:08

这个我建议你再看看tRNA的生物学本身。

简单来说，相同anti-codon的tRNA往往序列很相似，所以会有multiple mapping

同时，tRNA有可能和miRNA rRNA等其他RNA序列有一定的相似性，造成比对的假阳性。

这个问题，我建议你就按照文章的做法去做。

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发布时间: 2023-06-12 15:55

更新时间: 2023-06-14 22:08

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