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常用的对测序序列进行聚类分析的软件有什么？及其使用的了什么算法？

对序列相似性进行进化树绘制或绘制热图等。题主想解决的问题是：目前手上有一批测序数据，可能污染或者实验未知问题，里面有很多未知的序列，想对这些序列进行聚类分析，看看这些未知序列的是否来源相同。

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孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市丰台区
2018-08-22 18:16

一般对于这种问题，主要是2种思路。第1种是基于kmmer的，就是统计kmmer出现的频率来区分序列。第2种就是直接进行多序列比对。

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正负匿注册会员用户来自于: 中国
2018-08-22 22:41

Biopython下有个聚类分析的模块Bio.Cluster，应该是包括了大多生物问题里需要的聚类分析方法了，可以看看 https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest/cn/chr15.html

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: Winjor 注册会员
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发布时间: 2018-08-22 16:51

更新时间: 2018-08-23 11:30

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