测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组，miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

850: 浏览

测了实验组与对照组的mRNA与miRNA的转录组，miRNA-mRNA互作分析网络怎么处理呢？

差异miRNA 几十个，差异mRNA 有3000多个？现在思路：1 . miRNA靶基因预测与实际测序有差异的mRNA取交集，然后找出miRNA-mRNA调控对，但是这个Cytoscape做出来节点有600多个，图根本就看不出来有什么意义。各位大神是否有类似的分析思路给点建议？或者有miRNA-mRNA互作分析的建议呢？蟹蟹~~

好问题 0 评论收藏举报

2 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-08-24 22:55

不知道你是什么物种，因为动物和植物的miRNA还是挺不一样的，这里我以动物的miRNA为例。 1. miRNA几乎都是1对多的调控，甚至出现1个对几百个gene的情况； 2. 一般动物里面常用targetScan的结果当做miRNA的靶标预测结果，里面有打分，打分的高低显示gene可能受miRNA调控的保守程度。一般认为，1个miRNA对1个gene的分数越高，越可能调控这个gene。因此，我建议，你可以选择打分比较高的，比如top10的gene去做下游的挖掘，是不是更有可能？

赞同 1 1评论

海王坑前台管理员用户来自于: 湖北省武汉市
2018-08-24 21:51

这个还是得基于具体的生物学意义去分析互作网络，去看别人文献吧

赞同 0 1评论

关于作者

: 桶桶要好好学习 初级会员
这家伙很懒，还没有设置简介

1: 回答

0: 文章

4: 问题

问题动态

发布时间: 2018-08-24 16:16

更新时间: 2018-08-24 22:55

关注人数: 2 人关注

相关问题

H3K27ac occupancy怎么定义？: 924 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

请问cytoscape是怎么构建网络的？: 711 浏览 3 关注 1 回答 0 评论

安捷伦（Agilent）的数据处理软件Feature Extraction Software的默认的数据标准化的算法是什么？最后得到的值是否做了log2处理？是否是RMA或者MASS的一种？: 453 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

【求助】怎么能画出子网络图: 544 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

harmony处理批次效应: 1285 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

blastp后，我想提取score的序列，请问使用python应该怎么写这个脚本: 697 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

R语言中，不使用pheatmap画出的热图，怎么加上颜色变化的图例: 1089 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

log2(fold_change)可以用来做热图吗？遇到想要表达的目的基因log2(fold_change)值为0时，怎么办？: 700 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

进行转录组数据分析时，进行cuffdiff后的输出文件gene_exp.diff中，一个基因出现了两个不同的表达量数据，应该如何处理？: 543 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

conda怎么更新blastp到最新版本: 1351 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问 ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？: 1021 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 ATAC-seq绘制TSS富集图: 1270 浏览 2 关注 2 回答 2 评论

问用GWAS筛选受选择基因，样本数量不够，请问可以用选择消除分析吗: 674 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问样本批次问题: 808 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号？: 1010 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问宏基因组注释率超低: 793 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图: 2083 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

问 ATAC-seq不同测序量样本的差异比较: 911 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于ceRNA网络构建的后续分析有哪些？: 609 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问非靶向代谢组数据的PLS/OPLS模型Q2小于0.5，模型还可用吗？: 799 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024