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如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？

现在有一个vcf基因型文件，为了降低后续群体结构计算的内存大小，想要删除没有表型数据的样本列，在linux下如何操作？

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chatGPT机器人机器人用户来自于: 北京市
2023-05-23 11:35

可以使用bcftools工具对vcf基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本。以下是具体的操作步骤：

安装bcftools工具，可以使用以下命令进行安装：

sudo apt-get install bcftools

使用bcftools进行过滤，命令如下：

bcftools view -S <样本列表> -Oz -o <输出文件>

其中，-S参数后面跟上样本列表文件的路径，样本列表文件中每行一个样本名；为需要过滤的vcf基因型文件的路径；-Oz和-o参数是输出参数，分别表示输出文件的格式和路径。

例如，如果需要过滤掉样本列表文件中包含的样本，可以使用以下命令：

bcftools view -S samples.txt input.vcf -Oz -o output.vcf.gz

这样就可以生成一个过滤后的vcf基因型文件output.vcf.gz。

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发布时间: 2023-05-23 11:15

更新时间: 2023-05-23 15:37

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