单细胞RNA-seq，如何计算不同cluster之间的相关性 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1705: 浏览

单细胞RNA-seq，如何计算不同cluster之间的相关性

单细胞RNA_seq

该图描述的是单细胞RNA-seq中20个cluster之间的相关性比较，如果我用R中的cor函数计算相关性，我只能得到所有细胞之间两两比较的相关性。那么采用哪种评估标准，可以用一个值或一个向量代表一个cluster的身份，并得到图中这种cluster与cluster之间的相关性呢？ [attach]248[/attach]

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-20 21:55

你可以去看一下paper里是怎么计算的，无外乎就是这么几个思路： 1. 选择cluster细胞中的平均情况，然后计算； 2. 选择cluster细胞中的代表情况，然后计算； 3. 选择cluster细胞中的一些特征信息，然后计算；

赞同 0 2评论

关于作者

: 杨麻麻 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2018-09-20 21:05

更新时间: 2018-09-20 21:55

关注人数: 2 人关注

相关问题

如何在 bioinfo.info 建立第一天留下自己的名字？: 4747 浏览 13 关注 13 回答 1 评论

如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因，目前已经把测序得到的数据map 到了染色体上，不知道下一步该怎么找候选基因: 1516 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

如何方便快捷地批量重命名qiime2做出的ASV号？: 1957 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗？: 1649 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何根据Datamonkey中FUBAR的结果计算该基因的dn/ds值: 2099 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何根据转录组数据得到新转录本？如何验证一个基因的多个转录本？: 2272 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何判断一篇CHIPseq的文章用的是hg19还是hg38: 1935 浏览 5 关注 3 回答 0 评论

如何处理fastqc报告中duplication level报错的问题: 2461 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

HHblits使用相同的数据库，得出的结果明显差于HHpred网页版的结果。该如何使用HHsuite命令行得到与网页端类似的效果: 2436 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如何计算富集分析里的差异倍数: 1428 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问 seurat包，如何调节大热图左侧的基因字体大小: 2448 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问空转bin_size: 1510 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 harmony整合样本前需要分别预处理吗？: 1927 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题: 1652 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问单细胞多样本熵分析样例代码: 1655 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc: 1784 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问请教多个scRNA样本整合问题: 1733 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问在做RNA Velocity的时候增殖细胞群总是起点: 1649 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗？: 1649 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025