rMATS是如何得到外显子的两种isform的？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1283: 浏览

rMATS是如何得到外显子的两种isform的？

可变剪切

rMATS比较差异是通过比较exon inclusion level 而exon inclusion level是通过exon skipping 和inclusion 两种isform计算的，那么这两种isform是怎么得到的呢？一条reads一条reads的去数嘛？

好问题 0 评论收藏举报

1 回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2018-09-08 10:22

rMATS检测的可变剪切主要分成下面5种： [attach]165[/attach] 在检测的时候，需要提供gtf文件，然后通过判断read跨越junction的情况来判断。就是1条reads，1条reads的去数。

赞同 0 0评论

问题动态

发布时间: 2018-09-07 12:01

更新时间: 2018-09-08 10:22

关注人数: 2 人关注

相关问题

求助一个shell脚本问题，如何批量处理下面这种情况？: 1159 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何理解单细胞测序中用fastQC对低质量细胞进行过滤: 1554 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

EVEs和HGTs之间关系如何: 1289 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

【求助】如何判断一个基因是否存在表观修饰的位点？: 1205 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

cafe 结果可视化如何操作？: 1198 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

对于BLAST算法在高歌老师的课上提到运用哈希函数和有限自动机的模型去提高数据检索效率，不是很理解其中的原理，希望得到大神们的帮助: 1629 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

如果在基因组中鉴定到病毒序列，如何从生信角度判断它是EVEs还是HGTs: 1098 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何在20个蛋白序列里找3个motif: 764 浏览 2 关注 0 回答 0 评论

二代测序得到测序数据组装完成后如何进行丰度计算: 1438 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

VCONTACT2的结果文件genome_by_genome_overview如何进行统计分类: 1274 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问怎么寻找某个基因的不同可变剪切形式？: 1367 浏览 4 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025