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孟浩巍在 2018-09-17 21:43 回答了问题 富集分析: 如何计算富集分析里的差异倍数; 孟浩巍: 这个东西吧，就是很简单的倍数关系啊。比如背景值是 2000 / 10000, 你的富集结果是 900/1000，所以你的富集倍数是：就是（900 * 10000) / (2000 * 1000) = 4.5; 赞同1 反对 1 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-17 21:29 回答了问题 stringtie: stringtie 得到的gtf 通过DESeq2分析后stringtieID 如何转换成esmbleID; 孟浩巍: 你现在貌似还没有做gffcompare，看一下stringtie的处理流程： [attach]230[/attach]; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-17 21:13 回答了问题 基因组注释: 批量获得基因间区及内含子的突变距离最近的基因外显子的距离; 孟浩巍: 如果是在R里面，可以考虑使用GenomicRange这个包（我之前的Bioconductor视频里专门介绍过），里面有一个求距离的函数。所以你对每个突变位点，对每个gene的每个exon进行求距离，就可以找到最近的exon了。 intron的方式一样，只不过是需要先通过exon来生成int...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-17 21:11 回答了问题 sra文件解压缩: 用ls *sra |while read id; do fastq-dump --split-3 $id;done命令，去解压缩sra文件，出现部分报错是什么原因？; 孟浩巍: 使用prefetch就好，至于完整性…… 成功下载了以后会有提示。; 赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍在 2018-09-16 09:53 回答了问题 RNA_seq: 请问RNA-seq采用poly A(+)策略建库，处理数据时若不去除rRNA会对后续分析有何影响？; 孟浩巍: 不会有什么影响，如果你实验做得好。一般rRNA的比例会在5%以下甚至更低比如1%以下。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-15 19:31 回答了问题 可变剪切: 怎么寻找某个基因的不同可变剪切形式？; 孟浩巍: 不同剪切形式，可以用UCSC genome browser去看，比如你说的这个gene [attach]220[/attach] 里面每一行就是1个转录本，就是不同的isoform。至于isoform的定量，现在都不准。你可以用cuffdiff或者stringtie那一套碰碰运气。; 赞同2 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-15 19:28 回答了问题 WGCNA: [求助]WGCNA; 孟浩巍: 我简单理解一下你这个问题，你这个问题的是在问，怎么提取blue颜色对应的所有gene对吧？如果我的理解没有错，那么最后你分析完以后有一个vector是存储了每个gene对应什么颜色，这个vector的长度应该和你的gene list是相同长度的，直接提取即可。; 赞同3 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

匿名用户在 2018-09-14 11:23 回答了问题 转录组: 对突变组和对照组的某基因表达量做T检验; 孟浩巍: 最理想的情况下，比如TCGA的数据，是同时给了癌症组织和癌旁组织的数据，因此可以做队列t test；你既然没有这样的数据，做个t test就行了。但是肯定不如同时取样的效果好，估计也会被人diss。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-14 11:16 回答了问题 perl: perl的如何进行读取和循环的; 孟浩巍: 我吐槽一句：Perl语言代码一律不看……; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-14 11:15 回答了问题 featurecounts FPKM: FPKM计算问题; 孟浩巍: 计算FPKM建议用cufflink（单样本）或者 cuffnorm（多样本）; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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