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孟浩巍在 2018-09-22 20:09 回答了问题 python文件处理: python怎么追加输出一列; 孟浩巍: 比如你要输出1到10，分别对应文件的1到10列 [code]with open("test.txt","w") as output_file: out_list = range(1,11) out_list_str = map(str,out_list) output_fil...; 赞同1 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-21 17:08 回答了问题 R语言 画图: 请问如何使用R语言绘制散点图; 孟浩巍: 这两张图，第1张就是个散点图，直接在R里面用plot就可以画。虚线是用abline函数添加的。比如你的两个case的表达量分别是case_A，case_B 这里我用模拟数据代替： [code]case_A = abs(rnorm(1000,mean = 30,sd = 2)) case_B =...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

匿名用户在 2018-09-21 14:30 回答了问题 GO分析: 为什么我在做go的时候，用clusterProfiler富集没有结果，但是用网站http://geneontology.org/ 做就有很多呢？代码如图; 孟浩巍: 有可能是使用的gene 背景不同，你可以把qvalue的cutoff设置成1，pvalue的cutoff也设置成1，把所有的输出结果与你网页上GO的结果对比。仔细查看一下具体富集到某个通路的gene数目。我的经验是，clusterprofile的富集结果更严格一些。DAVID的结果和clust...; 赞同0 反对 0 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-21 11:31 回答了问题 blast: blastp后，我想提取score的序列，请问使用python应该怎么写这个脚本; 孟浩巍: 问题描述很清楚呀！我给你提供一个思路吧： 1. 建立dict, key是你的蛋白名，value 是一个list，长度为4 对应你的4个物种，里面需要存储你的分数值和蛋白名； 2. 开始循环，获得蛋白名，然后获得这个蛋白名对应的list，根据物种来比较分数，如果分数值大于list中存的分数就替...; 赞同3 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-20 21:55 回答了问题 单细胞RNA_seq: 单细胞RNA-seq，如何计算不同cluster之间的相关性; 孟浩巍: 你可以去看一下paper里是怎么计算的，无外乎就是这么几个思路： 1. 选择cluster细胞中的平均情况，然后计算； 2. 选择cluster细胞中的代表情况，然后计算； 3. 选择cluster细胞中的一些特征信息，然后计算；; 赞同0 反对 1 人感谢 2 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-20 21:54 回答了问题 癌症相关信号通路: 通过富集得到了一些信号通路，我想看看这些通路里哪些是和癌症相关的，如何实现呢？; 孟浩巍: 这是一个好问题，这个属于分析下游的事情了。一般对于这种问题，我有2个建议： 1. 比如你富集到了通路A，然后你就把富集到通路A的gene全部找到，之后一个一个去查；看看到底哪个和cancer相关。 2. 拿你感兴趣的cancer的通路去做GSEA分析。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

孟浩巍在 2018-09-20 14:08 回答了问题 芯片数据分析: 当LIMMA计算计算结果中的调整P值都大于0.05时，可否使用p值<0.05+fc>2来筛选差异表达基因？; 孟浩巍: 一般来说是不可以的。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-19 20:46 回答了问题 从基因组上获取序列: 知道一批基因的具体位置，如何批量的从基因组中取出基因序列？; 孟浩巍: 方法有很多，我说一个在R里操作的办法吧。 1. 首先先使用Bioconductor安装GenomicRange包以及对应物种的BSgenome包，比如你这里应该是拟南芥。 2. 然后把你的区间，构建成GRange对象 3. 直接使用getSeq提取序列 [code]> library...; 赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-19 20:21 回答了问题 Limma 芯片数据分析: 求助 limma计算DEG最后结果中的调整p值没有小于0.01的怎么办。。。; 孟浩巍: 我觉得，是不是能够找个有分析结果的数据，先看看你流程有没有问题。 1个显著的gene也没有，这个确实没有遇到过。; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-19 15:58 回答了问题 基因组: read过滤的问题; 孟浩巍: 切了，就完事了。纠结那么半天。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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