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孟浩巍在 2018-10-05 16:32 回答了问题 RNA_seq: 【坐标北京】近期准备做一些RNA-seq，想请问一下大家哪些公司比较靠谱？-w-; 孟浩巍: 诺禾致源感觉还可以。; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-10-05 13:41 回答了问题 生信具体问题: 如何提取比对上某一个基因或者某一段序列的所有reads; 孟浩巍: samtools view 命令的使用说明如下： [code]Usage: samtools view [options] || [region ...] Options: -b output BAM -C output CRAM (requires -T) -...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-10-05 13:39 回答了问题 算法: 对于BLAST算法在高歌老师的课上提到运用哈希函数和有限自动机的模型去提高数据检索效率，不是很理解其中的原理，希望得到大神们的帮助; 孟浩巍: 哈希的意思就是把所有的可能seed全部储存，这样的话就可以把问题简化成O(1)复杂度，但是空间上是爆炸的，因此不好用。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-10-03 22:59 回答了问题 候选基因: 如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因如何通过重测序方法找到大耳朵狗和小耳朵狗的候选基因，目前已经把测序得到的数据map 到了染色体上，不知道下一步该怎么找候选基因; 孟浩巍: 其实是分两方面考虑，一方面是不是有RNA Seq的数据，如果有的话，分析差异基因是一个不错的选择。如果只有重测序的数据，也是需要有一些先验知识，比如你的候选性状是数量性状还是质量性状？之前类似的研究里相关的基因有哪些？诸如此类的问题，都需要考虑。在考虑清楚以后，我觉得可以做简单的snp和cnv的...; 赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-30 10:45 回答了问题 生物信息学 生信问题: 关于GO分析的问题; 孟浩巍: 可以，但是有可能注释不全。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍在 2018-09-30 10:45 回答了问题 mapping RNASeq数据处理 Live问题: 20170804高通量测序视频中05 mapping.sh报错问题; 孟浩巍: 感觉是index的问题，是不是index没有建立完整，参考下面的视频，重新建立一下index试试。第2次Live上机录像：2017-08-04-高通量测序技术交流录像 https://www.bilibili.com/video/av12969326/ 参考基因组的下载与bowtie2 ind...; 赞同0 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-30 10:42 回答了问题 截取基因片段: 关于截取某基因前后200bp片段; 孟浩巍: 1. 登陆Ensembl [url]https://asia.ensembl.org/Capra_hircus/Info/Index[/url] 2. 搜索你的gene name [attach]285[/attach] 3. 查看你想要的转录本 [attach]288[/attach]...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-29 10:12 回答了问题 染色体: 想画一个染色体类似于条形码的图，大家有什么建议; 孟浩巍: 我当时是这么解决的，就是把每一个重复区域的起始和终止位点都记录一下，然后画矩形。效果图类似： [attach]276[/attach] 代码类似： [code]hg19_g_band = read.table("~/menghw_HD/reference/hg19_G-band.txt",he...; 赞同3 反对 3 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-28 09:09 回答了问题 生信入门: 想补充生信统计学知识; 孟浩巍: 如果是入门学习的话，我建议你就学3本书。第1本是《概率论与数理统计》浙大版，这本书是基础。网上有对应的MOOC课程，随便一搜就行了；第2本是《统计学习导论》，这本书是个翻译本，介绍了常用的数据处理方法，比如降维，比如分类的基础思想等等；第3本是陈希孺老先生的《概率论与数理统计》，...; 赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍在 2018-09-27 14:39 回答了问题 生信问题: rna-seq数据校正; 孟浩巍: 一般来说，不这么办，表达量特别高的gene本身的表达量用RNA-Seq衡量就不是很准；如果真的要确定是否有变化，你需要选择多个内参然后进行qPCR。以实验的结果为准。还有一个办法是掺入spike-in，最常用的是ERCC序列。; 赞同2 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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