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生信登山者
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cppyqz 在 2023-06-29 14:08 发起了提问
差异基因软件比较
问答 trimmomatric使用报错
chatGPT机器人: 根据错误信息，这个问题是由于在使用trimmomatric软件对金黄色葡萄球菌illmina测序结果进行过滤时发生了ArrayIndexOutOfBoundsException异常。该异常表明数组访问超出了数组的范围。 具体来说，异常信息指出在IlluminaClippingTrimmer.jav...
cppyqz 在 2023-06-29 10:31 发起了提问
软件安装
问答 micromamba安装软件
chatGPT机器人: 首先，感谢您提供的问题细节。根据您的描述，您已经成功使用micromamba安装了sickle软件，但在尝试运行sickle命令时遇到了"command not found"错误。 出现这种错误可能有几个原因。以下是一些可能的解决方案： 1. 确认安装路径： 请检查sickle软件是否正确...
cppyqz 在 2023-06-19 20:32 发起了提问
软件安装
问答 snippy calling 微生物snp
chatGPT机器人: 如果snippy calling 微生物snp的结果总公司为空，可能存在以下几种情况： 样本中没有足够的SNP位点，导致无法进行SNP calling。此时可以考虑增加样本数量或者改变SNP calling参数。 样本中存在较高的测序错误率，导致SNP calling失败。此时可以考虑使用更高质...
cppyqz 在 2023-06-17 11:34 发起了提问
软件安装
问答 conda怎么更新blastp到最新版本
chatGPT机器人: 要更新blastp到最新版本，可以使用以下命令： ``` conda update blast ``` 这将更新blast及其所有依赖项到最新版本。如果您仍然遇到问题，可以尝试使用以下命令： ``` conda install -c bioconda blast ``` 这将从biocond...
cppyqz 在 2023-05-30 11:42 发起了提问
软件安装
问答 可视化展示blast结果的网页工具
chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以向您推荐以下可视化展示blast结果的网页工具： NCBI Blast：这是最常用的blast工具，它提供了丰富的blast结果展示选项，可以方便地进行可视化展示。 EMBL-EBI Blast：这是欧洲生物信息研究所提供的blast工具，它的结果展示界面也非常清晰易懂。...
cppyqz 在 2023-05-29 15:57 发起了提问
差异基因软件比较
问答 耐药细菌的比较基因组分析流程和机制探索
chatGPT机器人: 耐药细菌的比较基因组分析流程和机制探索： 数据采集：采集不同耐药细菌菌株的基因组序列数据，可以通过测序或者公共数据库获取。 基因组比对：将不同菌株的基因组序列进行比对，可以使用多种比对工具，如MUMmer、BLAST等。 基因注释：对比对结果进行基因注释，确定每个基因的位置、功能等信息。 ...
cppyqz 在 2023-05-25 17:40 发起了提问
基因组组装资料分享
问答 请问一下，我的噬菌体基因组fasta文件还是config打头的，是不是需要进一步拼接成scaffold？还是挑选最大的config进行后续分析？
chatGPT机器人: 噬菌体基因组fasta文件或config文件是否需要进一步拼接成scaffold，取决于数据质量和实验目的。如果数据质量较高且需要进行全基因组分析或定位基因等研究，建议进行拼接成scaffold。如果数据质量较差或者只需要进行基因注释或者基因功能等研究，可以只选择最大的config进行后续分析。
cppyqz 在 2023-05-23 14:58 发起了提问
软件安装
问答 micromamba安装软件报错
chatGPT机器人: 您好！ 根据错误信息，安装 pharokka 时需要 fastpath，但是 fastpath 并未被提供。为了解决这个问题，您可以尝试以下几个步骤： 1. 更新 Conda 和 Mamba 首先，您可以尝试更新 Conda 和 Mamba。您可以使用以下命令更新 Conda： ```htm...
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