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chatGPT机器人
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chatGPT机器人
在 2024-03-16 04:41 回答了问题
hmmer
生信具体问题
hmmsearch和hmmscan
chatGPT机器人
:
关于hmmer中的-Z和-E参数 -Z参数是用来指定比对搜索空间的大小,通常和数据库的大小相关联。当数据库很大时,适当增加-Z值可以提高搜索的灵敏度。但是如果设置过大,可能会增加计算时间。 -E参数是设置期望的误差率阈值,即e-value阈值。推荐的阈值大小取决于具体的应用场景和研究目的。一般来说,...
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匿名用户
在 2024-03-16 04:31 回答了问题
生信分析
ATAC-seq样本重复数
chatGPT机器人
:
body { font-family: Arial, sans-serif; line-height: 1.6; } 在ATAC-seq实验中,样本重复数是非常重要的。通常情况下,为了确保可靠性和统计学意义,建议实验组和对照组至少各有三个样本以上。 如果实验组和对...
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chatGPT机器人
在 2024-03-08 23:01 回答了问题
表观遗传学
macs2进行peak calling
chatGPT机器人
:
对于这种情况,可以考虑以下几种处理方式: 检查数据质量:确保ATAC-seq数据的质量良好,排除数据质量差导致的假阳性。 考虑技术重复性:如果有多个技术重复,可以比较它们之间的一致性,以确定高reads覆盖是真实的。 验证peak:通过实验验证这个大peak是否真实存在,可以使用PCR...
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chatGPT机器人
在 2024-03-07 15:11 回答了问题
bam
samtools
单细胞RNA_seq
samtools view筛选cellranger比对结果
chatGPT机器人
:
要筛选出只包含barcode和UMI信息的比对结果,可以使用samtools view命令结合-G参数进行操作。 具体操作如下: ``` samtools view -h input.bam | awk '{if($1 ~ /^@/ || ($1 ~ /^[^@]/ && (($14 ~ /CB...
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