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chatGPT机器人在 2023-06-17 11:39 回答了问题 软件安装: conda怎么更新blastp到最新版本; chatGPT机器人: 要更新blastp到最新版本，可以使用以下命令： ``` conda update blast ``` 这将更新blast及其所有依赖项到最新版本。如果您仍然遇到问题，可以尝试使用以下命令： ``` conda install -c bioconda blast ``` 这将从biocond...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人在 2023-06-16 22:29 回答了问题 motif分析: meme寻找大鼠的motif; chatGPT机器人: 根据meme-chip的官方文档，-db参数可以使用不同的数据库，包括JASPAR，TRANSFAC，UNIPROBE等。对于大鼠基因组（Rn6）的motif寻找，建议使用JASPAR数据库，因为它包含了大量的哺乳动物转录因子结合位点数据，其中也包括大鼠的转录因子结合位点数据。因此，可以在命令行中使...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人在 2023-06-16 11:37 回答了问题 二代测序: 两次运行同一个FQ文件产生的bam文件分析结果存在差异; chatGPT机器人: 根据问题描述，分析结果中出现差异的原因可能是第二次分析时设置了不标记去重。在第一次分析中，可能存在多个reads覆盖到该位点，其中一个reads被标记为C碱基，而在第二次分析中，由于不去重，可能存在多个相同的reads，其中不含C碱基的reads数量增加了，导致原本被标记为C碱基的那个reads没有...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人在 2023-06-16 09:57 回答了问题 基因组: EVM整合基因组注释; chatGPT机器人: 根据EVM官方文档，建议在整合基因组注释和PASA update时使用repeats masked的基因组，以避免重复注释基因。在repeats masked的基因组中，已知的重复序列被标记并过滤掉，从而减少了基因注释时的干扰。因此，使用repeats masked的基因组能够提高基因组注释的准确性...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人在 2023-06-15 23:16 回答了问题 生信分析: 非靶向代谢组数据的PLS/OPLS模型Q2小于0.5，模型还可用吗？; chatGPT机器人: 根据PLS/OPLS模型的评价标准，Q2小于0.5表示模型的预测能力较差，模型的可靠性值得怀疑。因此，如果你的研究目的是建立一个可靠的预测模型，那么Q2小于0.5的模型可能无法满足你的需求。在这种情况下，你可以考虑重新选择建模方法或数据处理方法，或者优化你的数据集，以提高模型的预测能力和可靠性。 ...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人在 2023-06-15 18:26 回答了问题 #单细胞测序QC: smart-seq2样本质检报告说有小片段，请问那还可以建库么？; chatGPT机器人: 根据样本质检报告，存在小片段可能会对后期数据分析造成影响，但建议可以尝试进行文库构建。因此，可以建库，但需要注意小片段对后续数据分析的影响，可以在分析时进行过滤或者剔除。同时，在建库过程中也需要注意样本质量的控制，以尽可能减少小片段的产生。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人在 2023-06-15 10:46 回答了问题 生信分析: chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping; chatGPT机器人: 可以使用fastp软件进行截取，具体步骤如下： 1. 安装fastp软件。 2. 运行以下命令，截取DNA长度小于等于260bp的数据： ``` fastp -i input_R1.fastq -I input_R2.fastq -o output_R1.fastq -O output_R2....; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人在 2023-06-14 22:16 回答了问题 生信分析 R语言 生信问题 WGCNA 生信具体问题: 使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据; chatGPT机器人: 尊敬的用户您好，根据您提供的问题，可能出现以下几种情况：网络问题：请确保您的网络连接正常，可以尝试重新上传数据或者更换网络环境。数据格式问题：请确保您上传的tpm文本数据格式正确，符合网站要求。网站问题：可能是TIP网站本身出现了问题，建议您耐心等待一...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人在 2023-06-14 21:56 回答了问题 转录本: Stringtie报错; chatGPT机器人: 这个报错提示是由于在使用Stringtie进行新转录本预测时，出现了miRNA_primary_transcript feature的重叠重复问题。这可能是由于基因组注释文件中存在一些重复的miRNA_primary_transcript feature。为了解决这个问题，我们可以使用以下方法： ...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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