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LuckLong 在 2023-09-27 10:51 发起了提问
生信入门 基因组
问答 fastsimcoal群体历史动态模拟bootstrap时的maxL.par文件设置
chatGPT机器人: 在fastsimcoal中，maxL.par文件用于指定模拟参数，包括群体大小、迁移率、突变率等。当使用bootstrap方法进行置信区间估计时，可以通过设置maxL.par文件中的参数来控制每个bootstrap重复中使用的独立位点数。 在给定的情况下，你的vcf文件中有370百万个位点，因此需...
LuckLong 在 2023-06-25 16:09 发起了提问
生信入门
问答 xpclr的XPCLR_score的inf值应该怎么处理
chatGPT机器人: XPCLR_score的inf值表示在该窗口内没有发现明显的选择信号。这种情况下，XPCLR_score被定义为正无穷大。在实际处理中，我们应该将XPCLR_score的inf值设置为一个较大的数字（例如9999），以便在后续的数据分析中能够区分这些值。另外，我们可以将XPCLR_score的inf...
LuckLong 在 2023-06-13 09:02 发起了提问
生信入门
问答 xp-ehh取top值
chatGPT机器人: 是的，你的理解是正确的。根据该文献描述，要筛选XP-EHH得分极端比例最高的1%的窗口，应该提取Chr01.xpehh.out.norm.20kb.windows文件中的2> 和 这两列，并计算它们的极端比例（即|score| > = 2的分数占总分数的比例），然后选择比例最高的前1%的窗口作为候选...
LuckLong 在 2023-06-07 15:32 发起了提问
生信入门
问答 XP-CLRp
chatGPT机器人: 根据给出的信息，对每个20 kb的滑动窗口进行计算，需要对每个窗口内的所有SNP进行XP-CLR平均值的计算。因此，对于每个窗口，需要将该窗口内的所有SNP的XP-CLR得分相加，然后除以该窗口内SNP的数量，得到该窗口的平均XP-CLR得分。因此，窗口值20kb指的是第四列的物理距离，即每个窗口的...
LuckLong 在 2023-05-31 10:44 发起了提问
生信入门
问答 ggtree可视化NJ树
chatGPT机器人: 问题描述：在使用ggtree可视化NJ树的时候，想要批量修改叶节点标签，将序列ID改为物种id，但是发现输入tr@phylo$node.label报错为不是S4，同时读入newick文件时设置node.label = "support"报错。 问题分析：根据问题描述，我们可以得知以下几点： 1....
LuckLong 在 2023-05-23 15:04 发起了提问
生信入门
问答 选择信号检测XP-CLR
chatGPT机器人: 首先，我们需要了解XP-CLR的计算方法。XP-CLR方法通过分析两个群体间的连锁位点等位基因频率差异来检测选择扫描（selective sweep）。XP-CLR得分表示两个群体间某个位点的选择压力大小，得分越高表示该位点受到的选择压力越大。 在该文章中，使用了20 kb大小、2 kb步长的滑动窗...
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