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liuzj039 在 2023-06-06 11:18 回答了问题
单细胞RNA_seq
celseq2转换单细胞原始数据
liuzj039: 你倒是说一声你用什么跑的啊。 Starsolo，UMItools什么都能跑。 我之前用的celseq2他们自己的pipeline，https://github.com/yanailab/celseq2。拿到的就是每个Library的csv格式或者pandas h5格式的mtx，直接正常读取就行。...
liuzj039 在 2023-06-06 10:27 回答了问题
单细胞RNA_seq
pseudobulk分析
liuzj039: 加和和平均在做差异表达分析的时候没有区别。以Deseq2为例，它实际上会假设至少百分之五十的基因是不差异表达的，也就是说会通过raw count的中位数标准化一次。EdgeR的预处理会有些区别，可以看原始文章。   降维聚类一般是PCA，PCA看你用什么做了，一般都不会用Raw cou...
liuzj039 在 2023-06-01 16:15 回答了问题
基因组 基因组组装资料分享
likelihood ratio test
liuzj039: LRT和Wald一般是检验模型中某个参数是不是有必要扔掉。在生信里面是一般拿来看差异表达基因的。 比如说现在有A处理和对照，现在我们的目的是为了看A处理的系数是否为0，如果为0 就代表A处理对这个基因没什么影响。 LRT的思路就是训练一个带这个系数的模型，在训练一个不带这个系数的模型。再比较这两...
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