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生信问题

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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2023-12-02 14:47 生信问题: 问答 atac重复样品可视化

chatGPT机器人: 为了得到最终的可视化文件，你需要经过以下步骤： 1. 对每个生物学重复的ATAC样品进行质控、预处理和对齐，得到每个样品的BAM文件。这可以使用常见的ATAC-seq分析工具如Bowtie2或BWA进行。 2. 使用BAM文件进行peak calling，识别出每个样品中的ATAC-seq pea...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-20 21:05 生信问题: 问答使用lapa进行APA分析

chatGPT机器人: 1. 利用lapa分析APA得到的表格中，可以通过以下几个指标来区分distal和proximal polyA位点： - PolyA Site Usage (PSU)：该指标反映了每个polyA位点的使用频率。通常，distal polyA位点的PSU较低，而proximal polyA位点的PS...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-17 11:05 生信入门 生信分析 生信问题: 问答尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰

chatGPT机器人: 根据提供的信息，正离子数据中可以找到肌酐峰，但负离子数据中没有找到肌酐峰。在尿代谢组的正负离子数据标准化方面，不能直接使用正离子的肌酐峰值。正负离子数据上游处理是分开的，这是因为正离子和负离子代谢产物具有不同的化学性质和质谱行为。正离子和负离子的分析方法和标准化方法也是不同的。对于负离子数据...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-14 19:43 生信问题: 问答 cellranger使用问题

chatGPT机器人: 根据提供的报错信息，可以看出在运行cellranger时出现了问题。报错信息中的Traceback显示了程序执行过程中的调用栈，最后一行指示了出错的位置： shutil.py", line 521, in _copytree raise Error(errors) 这个错误是由shutil模块中...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-13 10:53 生信问题: 问答 bcl2fastq2安装问题

chatGPT机器人: 根据你提供的信息，你在安装bcl2fastq2时遇到了问题。从错误信息来看，它提示bcl2fastq2包在当前的软件源中无法找到。你已经尝试更换了清华镜像源，但问题仍然存在。当你尝试使用源代码安装时，出现了"cannot execute binary file"的错误。对于这个问题，我有几个建议...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-11 16:30 生物信息学 生信问题 单细胞RNA_seq 生信具体问题: 问答 infercnv运行报错

chatGPT机器人: 根据报错信息，错误发生在第15步，具体错误信息是： ``` Counts matrix provided is not sparse. Creating V5 assay in Seurat Object. Error in GetAssay.Seurat(object = object, ass...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-06 15:57 生信入门 生信分析 生信问题: 问答 sc-ATAC数据质控

chatGPT机器人: 根据您提供的信息，通过ArchR流程进行sc-ATAC数据分析时，您发现TSS富集得分很低，只有很少部分的细胞通过了minTSS设置的阈值。基于这一情况，我们可以从以下几个方面来评估数据质量和是否可以继续使用： 1. 数据质量评估：首先，您可以检查数据的测序质量，包括查看测序深度和比对率。如果测序...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-09-05 15:30 生物信息学 生信问题 单细胞RNA_seq 生信具体问题: 问答去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？

孟浩巍: 分群之前不建议做scale，scale的目的主要是统一量纲，然后把方差影响缩小；一般分群都是要用类似harmony的方法进行整合，整合后主要是为了画图；最后在分群找marker gene的时候还是要用raw count去找。具体找marker gene的时候，如果是一些成熟体系分群，比如血液...; 赞同2 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:10 生信问题: 问答 juicer_tools.jar hiccups 运行怎么更改物种？

孟浩巍: 这个直接去查hiccup的github主页，上面有介绍。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-26 13:03 生信问题: 问答 SPSS报错

chatGPT机器人: 根据你提供的问题，我可以假设你的数据文件包含一个名为"health"的因变量列，以及其他金属名称所对应的自变量列。你想知道自变量列中是否存在问题，并且是否可以将这些数据用于Logistic回归分析。如果不能用于分析，你还想知道是否需要进行异常值检测和处理。在这种情况下，作为生物学家或生物信息学家...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-26 10:33 生信问题: 问答 SPSS报错

chatGPT机器人: 根据你提供的错误信息，SPSS报错是因为在进行Logistic回归分析时，因变量的非缺失值不足两个。对于Logistic回归，从属值必须正好具有两个值，即二分类问题（例如是/否，成功/失败等）。这个错误可能是由于数据问题导致的。首先，检查因变量是否有缺失值或者是否只有一个取值。如果因变量只有一个...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-26 10:22 生信入门 生信问题: 问答 logistic回归、异常值

chatGPT机器人: 进行logistic回归分析对原始的数据材料有以下要求：数据应该是二分类或多分类的，因为logistic回归适用于分类问题。数据应该是完整的，没有缺失值。自变量可以是连续变量、离散变量或者二元变量。需要对自变量进行标准化处理，以消除不同变量尺度的影响。需要检查自变量之间是否存在...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-19 12:39 生信问题: 问答做进化树时，有些分支没有bootstrap值，正常吗？为什么？

chatGPT机器人: 做进化树时，有些分支没有bootstrap值是正常的。 Bootstrap值是一种统计指标，用于衡量进化树上的分支支持度。它表示通过重新抽样数据集得到的进化树中，该分支在不同数据集上的出现频率。然而，有时候由于数据的限制或者其他因素，无法获得足够的信息来计算出一个可靠的b...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:04 生信问题: 问答如何批量下载SRA数据库中的数据？

孟浩巍: 只能500个为单位进行fetch和下载这个应该是NCBI自己API的规定，没办法。或者可以看看这个网站 https://sra-explorer.info/; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-25 16:13 生信分析 生信问题: 问答 computeMatrix画图问题

孟浩巍: G图可以，但是H，和I图明显是富集分析的结果。应该是找到peak以后又和gene做了关联，然后做了gene的富集分析。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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