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生信问题

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综合问题文章简介

xsp 回复了问题 2018-09-17 14:03 生信分析 生信问题: 问答关于ceRNA网络构建的后续分析有哪些？

xsp: 看文献啊，pubmed搜你网络里节点类型的关键词（例如mRNA，lncRNA，network），大把的文献可以参考。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

Kevin_Lyu 回复了问题 2018-09-14 11:52 生信分析 生信问题: 问答请问cytoscape是怎么构建网络的？

Kevin_Lyu: cytoscape只是一个画网络图的软件，各个节点之间的关系是需要你自己输入的，获取关系的方法你可以是从数据库，也可以是你自己的实验。; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

pagu 回复了问题 2018-09-09 23:38 生信问题: 问答 grep 能不能指定匹配第多少列？

pagu: cut -f 也可以指定列，然后管道去grep，效果相同; 赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-05 13:11 生信问题: 问答 RNA Seq中什么样的reads是chimeric reads？是不是多数的chimeric reads都是circRNA的？

孟浩巍: 因为测序的时候是Read1和Read2是头对头，切分布在2条链上，所以在正常mapping回去的时候也应该是Read1和Read2是头对头，切分布在2条链上。但是如果是circRNA被测序到，这个测序就会出问题，就会出现本来应该出现两种朝向完全相反的情况，当出现这种情况的时候，就是你要的cir...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

qliu 回复了问题 2018-08-30 17:41 生信问题: 问答 pheatmap画图的数据导入问题

qliu: 你的data里面还混有chr列的数据，将所有你的数据先转变为numeric类型的数据 apply(data[,3:ncol(data)], 2 , as.numeric()); 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

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