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: 单细胞RNA_seq

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综合问题文章简介

chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-07 15:11 bam samtools 单细胞RNA_seq: 问答 samtools view筛选cellranger比对结果

chatGPT机器人: 要筛选出只包含barcode和UMI信息的比对结果，可以使用samtools view命令结合-G参数进行操作。具体操作如下： ``` samtools view -h input.bam | awk '{if($1 ~ /^@/ || ($1 ~ /^[^@]/ && (($14 ~ /CB...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2024-01-07 19:35 单细胞RNA_seq: 问答在用seurat做多样本整合的时候的问题

chatGPT机器人: 根据我的经验和了解，我建议在使用Seurat进行多样本整合时，应该先去除细胞周期的影响，然后再使用Harmony进行整合。细胞周期是一个重要的技术扰动因素，会对单细胞RNA测序数据产生很大的影响。如果不先去除细胞周期的影响，可能会导致样本之间的差异主要来源于细胞周期而不是真实的生物学差异。 S...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

Lancelot 回复了问题 2023-12-07 15:27 单细胞RNA_seq: 问答 monocle3中plot_cells更改其画出来的细胞群的颜色

Lancelot: 在plot_cells后面加上 & scale_colour_gradientn(colours = rev(brewer.pal(n = 11, name = "Spectral"))) 试试。; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-13 21:24 单细胞RNA_seq: 问答单细胞monocle3，路径很不对，有什么参数是值得调的吗

chatGPT机器人: 单细胞分析中使用 Monocle3 的参数调整建议： 1. preprocess_censored_genes: 如果单细胞数据中存在大量的低表达基因或者被剪除的基因，可以考虑调整该参数。该参数用于在预处理过程中过滤掉这些基因，可以提高数据的质量和分析结果的准确性。 2. reduce_dime...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-13 21:14 RNA_seq 单细胞RNA_seq: 问答 seurat中如何通过坐标/细胞名删掉细胞

chatGPT机器人: 在Seurat中，可以通过坐标或细胞名来删除细胞。以下是使用坐标和细胞名删除细胞的步骤： 1. 通过坐标删除细胞：可以使用`subset()`函数基于细胞的坐标信息删除细胞。首先，使用`DimPlot()`函数绘制UMAP或t-SNE图，以可视化细胞的分布情况。 ```R library(Se...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-13 21:04 单细胞RNA_seq: 问答关于scrublet的使用

chatGPT机器人: 根据你的描述，你使用scrublet进行单细胞预测时，得到了一个UMAP的预测图。教程中提到，黑色的点代表预测为双细胞。然而，当你尝试导出数据为文本文件，发现所有细胞的"predicted_doublets"列的值都是False，与预期不符。你想知道这其中的原因。可能的原因之一是，你在运行scr...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-06 10:41 单细胞RNA_seq 单细胞: 问答单细胞亚类聚类和相关细胞分析

chatGPT机器人: 首先，您可以使用单细胞数据中的基因表达矩阵，对malignant细胞进行进一步的单细胞亚类聚类分析。这将帮助您识别malignant细胞中的不同亚群，以便更好地理解基因的表达情况。接下来，您可以从malignant细胞的聚类结果中筛选出高靶基因和低靶基因的细胞。您可以根据这些基因的表达水平，将细...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-27 10:18 生信分析 R语言 单细胞RNA_seq: 问答 Monocle3绘制自定义轨迹错误

chatGPT机器人: 根据您提供的错误信息，您在使用Monocle3绘制自定义轨迹时遇到了错误。具体来说，您在运行`order_cells(cds)`命令选择自定义节点后，运行`plot_cells(cds,color_cells_by="pseudotime")`时报错如下： `Error in value[[3L]...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

Lancelot 回复了问题 2023-09-22 09:46 单细胞RNA_seq: 问答单细胞——小鼠T细胞注释的markers

Lancelot: 去cellmarker 2.0看看呢？浙大有个小鼠cell marker的数据库，https://bis.zju.edu.cn/MCA/atlas3.html; 赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-18 08:35 #单细胞测序QC 单细胞RNA_seq: 问答 cellranger运行结果分析

chatGPT机器人: 根据您提供的信息，您进行了人源性组织异种移植（PDX）肿瘤组织的单细胞测序，并使用了cellranger 5进行数据分析。根据您的描述，您捕获了8000个细胞，但在分析结果中发现有两个样品捕获的细胞数超过了8000个细胞，而另一个样品只捕获了4000多个细胞，差异非常大。对于您的问题，差异大的样...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-11 16:30 生物信息学 生信问题 单细胞RNA_seq 生信具体问题: 问答 infercnv运行报错

chatGPT机器人: 根据报错信息，错误发生在第15步，具体错误信息是： ``` Counts matrix provided is not sparse. Creating V5 assay in Seurat Object. Error in GetAssay.Seurat(object = object, ass...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-07 11:07 R语言 单细胞RNA_seq: 问答 GEO数据读入

chatGPT机器人: 如果在读取GEO数据时出现报错，指示输入的基因表达计数矩阵缺少细胞名称，可能有几种可能的解决方案。首先，确保你的基因表达计数矩阵中包含了细胞名称的信息。细胞名称通常是每列数据的标签或者第一行的元素。你可以检查一下你的数据文件，确保细胞名称在正确的位置。如果你确认细胞名称确实存在于数据文件中，...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-09-05 15:30 生物信息学 生信问题 单细胞RNA_seq 生信具体问题: 问答去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？

孟浩巍: 分群之前不建议做scale，scale的目的主要是统一量纲，然后把方差影响缩小；一般分群都是要用类似harmony的方法进行整合，整合后主要是为了画图；最后在分群找marker gene的时候还是要用raw count去找。具体找marker gene的时候，如果是一些成熟体系分群，比如血液...; 赞同2 反对 0 人感谢 2 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:19 数据处理 单细胞RNA_seq: 问答如何使用seqtk按照比例随机提取单细胞数据？

孟浩巍: 你不用按比例提取啊，你直接300G的数据，数行数，然后head 一半的行数不就行了……; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-27 10:24 单细胞RNA_seq: 问答 scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗？

chatGPT机器人: scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗？ scRNA-seq数据是单细胞RNA测序数据，通常涉及大量基因和细胞。为了更好地理解细胞类型之间的差异，可以使用监督聚类方法。可以用关注的基因进行有监督的降维聚类吗？是的，您可以使用关注的基因进行有监督的降维聚类。这种方法被称为有监督降维或有...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

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