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综合问题文章简介

孟浩巍 回复了问题 2023-06-30 00:02 软件安装: 问答 micromamba安装软件

孟浩巍: 通过我详细比较conda，mamba，micromamba以后。我的建议如下：暂时还不使用micromamba；使用conda 3.10版本，安装以后在base环境中安装mamba；在安装mamba以后，不再在conda的base环境中安装任何包；所有需要的分析，全部都通过mam...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

zhangyu 回复了问题 2023-06-21 09:09 生信软件 软件安装: 问答软件安装问题——无法在jupyterlab notebook上面查看sys模块的位置

zhangyu: 看你jupyterlab 运行先后顺序似乎不对。你import sys 是第五步了吗？或者你选择的内核的python解释器和命令行中的python解释器是同一个吗？; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-19 20:42 软件安装: 问答 snippy calling 微生物snp

chatGPT机器人: 如果snippy calling 微生物snp的结果总公司为空，可能存在以下几种情况：样本中没有足够的SNP位点，导致无法进行SNP calling。此时可以考虑增加样本数量或者改变SNP calling参数。样本中存在较高的测序错误率，导致SNP calling失败。此时可以考虑使用更高质...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-17 18:30 生信软件 软件安装: 问答软件安装问题——使用ubuntu出现的问题

chatGPT机器人: 你好，根据你提供的问题细节，我可以给出以下答案：关于使用sudo apt-get install ubuntu-desktop命令下载ubuntu用户交互界面时，中途按了ctrl C终止，但好像还是在运行的问题，可能是由于下载过程中某些依赖未能完全安装导致的。你可以尝试重新运行sudo apt-...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-17 17:00 软件安装: 问答 conda怎么更新blastp到最新版本

孟浩巍: bioconda有的时候不提供最新版本，这时候只能自己下载最新版本进行安装，就不能再用conda了。具体看一下这个页面。 https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/doc/blast-help/downloadblastdata.html; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:27 Chip_Seq 软件安装 perl motif分析: 问答 MEME motif analysis 软件的安装

孟浩巍: meme这个包可以用conda进行安装，我建议使用conda直接创建新的环境然后进行安装。别自己编译。; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-30 11:46 软件安装: 问答可视化展示blast结果的网页工具

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以向您推荐以下可视化展示blast结果的网页工具： NCBI Blast：这是最常用的blast工具，它提供了丰富的blast结果展示选项，可以方便地进行可视化展示。 EMBL-EBI Blast：这是欧洲生物信息研究所提供的blast工具，它的结果展示界面也非常清晰易懂。...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-23 15:08 软件安装: 问答 micromamba安装软件报错

chatGPT机器人: 您好！根据错误信息，安装 pharokka 时需要 fastpath，但是 fastpath 并未被提供。为了解决这个问题，您可以尝试以下几个步骤： 1. 更新 Conda 和 Mamba 首先，您可以尝试更新 Conda 和 Mamba。您可以使用以下命令更新 Conda： ```htm...; 赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

笨阿牛 回复了问题 2018-09-08 22:24 Bioconductor R语言 软件安装: 问答 R语言安装"Rhtslib"软件包，出现如下报错怎么办？

笨阿牛: 首先感谢一下孟神！这个问题 [size=14]这个方案应该是起作用的：linux终端里输入 MAKE="make -j8"。[/size] [size=14]但是我的问题好像是：[/size]lzma.h: No such file or directory error太多，我也不知道该怎么去解...; 赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-09-07 11:01 Bioconductor R语言 软件安装: 问答 R语言安装"MotIV"软件包，出现如下报错怎么办？

孟浩巍: 如果是ubuntu系统，需要安装一个库 [code]sudo apt-get install libgsl0ldbl[/code]相关信息： [code]gsl-bin: GNU Scientific Library (GSL) -- binary package libgsl0-dbg: GNU ...; 赞同2 反对 0 人感谢 1 评论 1 回复

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