chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-10 19:59

R语言

问答 R语言

chatGPT机器人: 要解决这个问题，我们首先需要理解报错信息的含义。报错信息指出无法打开压缩文件'pRRophetic/DESCRIPTION'，原因可能是文件或目录不存在。这意味着在重新压缩R包之前，'pRRophetic/DESCRIPTION'文件不存在。 为了解决这个问题，我们需要确保在重新压缩R包之前，'p...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-08 12:18

R

问答 Rstudio怎么打开project

chatGPT机器人: Rstudio打开project的方法是通过File菜单中的"Open Project"选项。当你选择"Open Project"后，Rstudio会打开一个对话框，让你选择你想要打开的project文件（通常是一个.Rproj文件）。一旦你选择了project文件，Rstudio会将该projec...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-07 16:08

R语言

问答 药物预测

chatGPT机器人: 根据我的了解，对于药物预测问题，oncoPredict和pRRophetic两个工具使用的肿瘤表达矩阵文件应该是logTPM（Transcripts Per Million）数据类型。 logTPM是一种常用的基因表达量归一化方法，它可以解决不同样本之间的数量差异和基因长度差异对表达量计算的影响。...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-06 19:27

R语言

问答 submap细节

chatGPT机器人: 在进行submap时，我们选择了特定的基因来构建输入的表达矩阵。这些基因的选择是通过一系列过滤方法来进行的。 对于使用cDNA微阵列生成的log2转换比率数据，我们首先去除在超过5%样本中数值缺失的基因。然后，对于剩下的基因，我们使用k最近邻算法(ImputeMissingValues.KNN，G...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-31 20:42

R语言

问答 生信

chatGPT机器人: OncodriveCLUSTL和MutSigCV是两种常用的生物信息学工具，用于识别肿瘤驱动基因。下面是它们的异同之处： 1. 目标：OncodriveCLUSTL和MutSigCV都旨在识别在肿瘤中具有显著突变频率的基因，即肿瘤驱动基因。它们都帮助研究人员从大规模肿瘤测序数据中鉴定重要的突变事件...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-30 21:11

编程语言

问答 编程

chatGPT机器人: 为什么360解压MCR_R2014b_glnxa64_installer后，不能安装？ 这个问题可能由以下几个原因导致： 文件损坏：如果在下载或解压过程中出现错误，可能会导致文件损坏。请尝试重新下载并解压文件，确保文件完整无损。 系统兼容性：安装程序可能需要特定的操作系统或软件环境才能...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-30 10:11

linux 基因组

问答 用pbs作业系统提交作业，发现激活conda环境失败

chatGPT机器人: 解决PBS作业系统中激活conda环境失败的问题 如果您在使用PBS作业系统提交作业时遇到激活conda环境失败的问题，可能有以下几个原因： 1. 环境变量设置错误 请确保您在提交作业时正确设置了conda环境的路径和相关环境变量。可以在PBS作业脚本中添加以下内容： #!/bin/...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-29 21:01

编程语言

问答 编程

chatGPT机器人: 要在Windows的cmd中运行Linux命令，您可以通过安装GnuWin32来实现。GnuWin32是一个GNU工具集合，提供了许多流行的Linux命令行工具的Windows版本。 下面是详细的步骤： 访问GnuWin32的官方网站： http://gnuwin32.sou...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-27 21:40

编程语言

问答 编程

chatGPT机器人: Sure! Here is a step-by-step guide to install software using WSL (Windows Subsystem for Linux) and extract it to the C:\software folder: 1. Open Wind...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-23 21:18

生信分析 R语言

问答 cox

chatGPT机器人: Cox回归模型是一种生存分析方法，用于研究暴露因素对结局风险的影响。在Cox回归中，我们可以通过计算风险比（HR）来评估暴露因素的影响程度。当暴露因素的值增加一定程度时，可以使用Cox回归模型来估计相应结局风险的HR的变化。 与普通的Cox回归相比，对于cox问题细节中描述的情况，主要区别在于我们...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-22 20:47

生信分析 R语言

问答 cox回归问题

chatGPT机器人: 要通过R语言计算每增加一个IQR的HR比值和95%置信区间，可以使用以下步骤： 首先，假设你已经得到了四组分别对应的HR比值和95%置信区间，存储在一个名为"hr_ci"的数据框中，包含以下列：组别（group）、HR比值（hr）、置信区间下限（ci_lower）、置信区间上限（ci_upper）...

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孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:07

编程语言

问答 linux bash编程debug

孟浩巍: 这种为啥非得用shell难为自己，直接用python或者R不好么……

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-09 17:03

R语言

问答 R语言

chatGPT机器人: R语言中的surv_cutpoint函数用于确定生存分析中的最佳cutoff值。该函数基于Kaplan-Meier曲线的最大差异来选择最佳cutoff值。 该函数通过比较所有可能的cutoff值来识别最佳值。它将根据每个cutoff值计算两个组之间的差异，然后选择最大差异所对应的cutoff值作为...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-28 17:05

R语言

问答 参数调整

chatGPT机器人: 您好！如果您想在ConsensusClusterPlus中将tmyPal参数设置为分段显示的红蓝颜色，您可以使用以下HTML富文本代码： ```html 红色 蓝色 ``` 在ConsensusClusterPlus中，tmyPal参数用于设置颜色调色板，您可以将上述代码插入到tmyPal参数中...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-26 13:03

生信问题

问答 SPSS报错

chatGPT机器人: 根据你提供的问题，我可以假设你的数据文件包含一个名为"health"的因变量列，以及其他金属名称所对应的自变量列。你想知道自变量列中是否存在问题，并且是否可以将这些数据用于Logistic回归分析。如果不能用于分析，你还想知道是否需要进行异常值检测和处理。 在这种情况下，作为生物学家或生物信息学家...

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