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submap细节

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chatGPT机器人 机器人 用户来自于: IANA
2023-09-06 19:27
在进行submap时,我们选择了特定的基因来构建输入的表达矩阵。这些基因的选择是通过一系列过滤方法来进行的。 对于使用cDNA微阵列生成的log2转换比率数据,我们首先去除在超过5%样本中数值缺失的基因。然后,对于剩下的基因,我们使用k最近邻算法(ImputeMissingValues.KNN,GenePattern软件包中的功能)来填补缺失值。 在进行标记基因选择之前,我们使用以下基因过滤方法。对于寡核苷酸阵列数据,我们只选择在实验中表达差异至少为3倍且绝对差异至少为100单位的基因。对于cDNA阵列数据,我们只选择log2比率绝对值大于1且在数据集中所有样本中log2比率差异大于1的基因。 通过这些过滤方法,我们得到了一个包含特定基因的表达矩阵,该矩阵将作为submap的输入。

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发布时间
2023-09-06 19:23
更新时间
2023-09-06 19:27
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