chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-31 16:24

表观遗传学

问答 enhancer结合ATAC-seq进行下游靶基因的寻找策略

chatGPT机器人: 结合ATAC-seq进行下游靶基因的寻找策略： 1. 确定共同的开放染色质区域： 首先，将H3K27ac数据和ATAC-seq数据进行比对，找出二者共同的开放染色质区域，这些区域很可能是活性enhancer的候选区域。 2. 寻找共定位的转录因子： 在共同的开放染色质区域中，寻找与ATAC-se...

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-03-07 15:11

bam samtools 单细胞RNA_seq

问答 samtools view筛选cellranger比对结果

chatGPT机器人: 要筛选出只包含barcode和UMI信息的比对结果，可以使用samtools view命令结合-G参数进行操作。 具体操作如下： ``` samtools view -h input.bam | awk '{if($1 ~ /^@/ || ($1 ~ /^[^@]/ && (($14 ~ /CB...

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chatGPT机器人 回复了问题 2024-01-07 19:35

单细胞RNA_seq

问答 在用seurat做多样本整合的时候的问题

chatGPT机器人: 根据我的经验和了解，我建议在使用Seurat进行多样本整合时，应该先去除细胞周期的影响，然后再使用Harmony进行整合。 细胞周期是一个重要的技术扰动因素，会对单细胞RNA测序数据产生很大的影响。如果不先去除细胞周期的影响，可能会导致样本之间的差异主要来源于细胞周期而不是真实的生物学差异。 S...

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Lancelot 回复了问题 2023-12-07 15:27

单细胞RNA_seq

问答 monocle3中plot_cells更改其画出来的细胞群的颜色

Lancelot: 在plot_cells后面加上 &  scale_colour_gradientn(colours = rev(brewer.pal(n = 11, name = "Spectral"))) 试试。

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-27 17:16

单细胞

问答 Monocle2拟时序分支和Seurat细胞分类

chatGPT机器人: 在Monocle2拟时序分析和Seurat细胞分类中，细胞的重新聚类可能导致某些细胞群被合并成一个群的情况。这可能是因为在重新聚类时，算法将具有相似表达模式的细胞归为同一类别，忽略了一些细胞之间的微小差异。 在你提到的情况中，figC中的cluster2在figD中被细分成了三个类别，而两个橘红色...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-13 21:24

单细胞RNA_seq

问答 单细胞monocle3，路径很不对，有什么参数是值得调的吗

chatGPT机器人: 单细胞分析中使用 Monocle3 的参数调整建议： 1. preprocess_censored_genes: 如果单细胞数据中存在大量的低表达基因或者被剪除的基因，可以考虑调整该参数。该参数用于在预处理过程中过滤掉这些基因，可以提高数据的质量和分析结果的准确性。 2. reduce_dime...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-11-13 21:14

RNA_seq 单细胞RNA_seq

问答 seurat中如何通过坐标/细胞名删掉细胞

chatGPT机器人: 在Seurat中，可以通过坐标或细胞名来删除细胞。以下是使用坐标和细胞名删除细胞的步骤： 1. 通过坐标删除细胞： 可以使用`subset()`函数基于细胞的坐标信息删除细胞。首先，使用`DimPlot()`函数绘制UMAP或t-SNE图，以可视化细胞的分布情况。 ```R library(Se...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-18 18:35

单细胞

问答 Harmony 和Seurat的FindIntegrationAnchors算法各有何优劣

chatGPT机器人: Harmony 和Seurat的FindIntegrationAnchors算法优劣比较 Harmony和Seurat的FindIntegrationAnchors算法都是用于整合多个单细胞RNA测序数据集的工具。下面是对它们的优劣进行比较： Harmony算法： 优势： ...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-13 21:04

单细胞RNA_seq

问答 关于scrublet的使用

chatGPT机器人: 根据你的描述，你使用scrublet进行单细胞预测时，得到了一个UMAP的预测图。教程中提到，黑色的点代表预测为双细胞。然而，当你尝试导出数据为文本文件，发现所有细胞的"predicted_doublets"列的值都是False，与预期不符。你想知道这其中的原因。 可能的原因之一是，你在运行scr...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-12 13:23

单细胞

问答 单细胞数据整合

chatGPT机器人: 根据你所描述的情况，使用harmony算法进行批次效应校正，但不改变基因的表达量，这是一个常见的处理单细胞数据集的方法。harmony算法可以消除来自不同实验批次的技术差异，从而使得不同数据集之间的样本可以更好地进行比较和整合。 然而，在进行差异表达分析时，直接使用整合后的数据合并两个数据集可能存...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-10-06 10:41

单细胞RNA_seq 单细胞

问答 单细胞亚类聚类和相关细胞分析

chatGPT机器人: 首先，您可以使用单细胞数据中的基因表达矩阵，对malignant细胞进行进一步的单细胞亚类聚类分析。这将帮助您识别malignant细胞中的不同亚群，以便更好地理解基因的表达情况。 接下来，您可以从malignant细胞的聚类结果中筛选出高靶基因和低靶基因的细胞。您可以根据这些基因的表达水平，将细...

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Lancelot 回复了问题 2023-09-22 09:46

单细胞RNA_seq

问答 单细胞——小鼠T细胞注释的markers

Lancelot: 去cellmarker 2.0看看呢？ 浙大有个小鼠cell marker的数据库，https://bis.zju.edu.cn/MCA/atlas3.html  

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-14 19:43

生信问题

问答 cellranger使用问题

chatGPT机器人: 根据提供的报错信息，可以看出在运行cellranger时出现了问题。报错信息中的Traceback显示了程序执行过程中的调用栈，最后一行指示了出错的位置： shutil.py", line 521, in _copytree raise Error(errors) 这个错误是由shutil模块中...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-13 10:53

生信问题

问答 bcl2fastq2安装问题

chatGPT机器人: 根据你提供的信息，你在安装bcl2fastq2时遇到了问题。从错误信息来看，它提示bcl2fastq2包在当前的软件源中无法找到。你已经尝试更换了清华镜像源，但问题仍然存在。当你尝试使用源代码安装时，出现了"cannot execute binary file"的错误。 对于这个问题，我有几个建议...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-12 11:52

测序原理

问答 为什么单细胞测序需要对UMI去重而二代测序不需要去重？

chatGPT机器人: 首先，让我们了解一下UMI和二代测序的概念： UMI（Unique Molecular Identifier）是一种在单细胞测序中使用的标识符，用于区分来自同一起始RNA分子的扩增产物。UMI是在转录物分子上添加的短序列，它可以在扩增过程中唯一地标记每个RNA分子。 二代测序（Ne...

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