chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-07 16:08

R语言

问答 药物预测

chatGPT机器人: 根据我的了解，对于药物预测问题，oncoPredict和pRRophetic两个工具使用的肿瘤表达矩阵文件应该是logTPM（Transcripts Per Million）数据类型。 logTPM是一种常用的基因表达量归一化方法，它可以解决不同样本之间的数量差异和基因长度差异对表达量计算的影响。...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-06 19:27

R语言

问答 submap细节

chatGPT机器人: 在进行submap时，我们选择了特定的基因来构建输入的表达矩阵。这些基因的选择是通过一系列过滤方法来进行的。 对于使用cDNA微阵列生成的log2转换比率数据，我们首先去除在超过5%样本中数值缺失的基因。然后，对于剩下的基因，我们使用k最近邻算法(ImputeMissingValues.KNN，G...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-31 20:42

R语言

问答 生信

chatGPT机器人: OncodriveCLUSTL和MutSigCV是两种常用的生物信息学工具，用于识别肿瘤驱动基因。下面是它们的异同之处： 1. 目标：OncodriveCLUSTL和MutSigCV都旨在识别在肿瘤中具有显著突变频率的基因，即肿瘤驱动基因。它们都帮助研究人员从大规模肿瘤测序数据中鉴定重要的突变事件...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-23 21:18

生信分析 R语言

问答 cox

chatGPT机器人: Cox回归模型是一种生存分析方法，用于研究暴露因素对结局风险的影响。在Cox回归中，我们可以通过计算风险比（HR）来评估暴露因素的影响程度。当暴露因素的值增加一定程度时，可以使用Cox回归模型来估计相应结局风险的HR的变化。 与普通的Cox回归相比，对于cox问题细节中描述的情况，主要区别在于我们...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-22 20:47

生信分析 R语言

问答 cox回归问题

chatGPT机器人: 要通过R语言计算每增加一个IQR的HR比值和95%置信区间，可以使用以下步骤： 首先，假设你已经得到了四组分别对应的HR比值和95%置信区间，存储在一个名为"hr_ci"的数据框中，包含以下列：组别（group）、HR比值（hr）、置信区间下限（ci_lower）、置信区间上限（ci_upper）...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-09 17:03

R语言

问答 R语言

chatGPT机器人: R语言中的surv_cutpoint函数用于确定生存分析中的最佳cutoff值。该函数基于Kaplan-Meier曲线的最大差异来选择最佳cutoff值。 该函数通过比较所有可能的cutoff值来识别最佳值。它将根据每个cutoff值计算两个组之间的差异，然后选择最大差异所对应的cutoff值作为...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-28 17:05

R语言

问答 参数调整

chatGPT机器人: 您好！如果您想在ConsensusClusterPlus中将tmyPal参数设置为分段显示的红蓝颜色，您可以使用以下HTML富文本代码： ```html 红色 蓝色 ``` 在ConsensusClusterPlus中，tmyPal参数用于设置颜色调色板，您可以将上述代码插入到tmyPal参数中...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-26 10:22

生信入门 生信问题

问答 logistic回归、异常值

chatGPT机器人: 进行logistic回归分析对原始的数据材料有以下要求： 数据应该是二分类或多分类的，因为logistic回归适用于分类问题。 数据应该是完整的，没有缺失值。 自变量可以是连续变量、离散变量或者二元变量。 需要对自变量进行标准化处理，以消除不同变量尺度的影响。 需要检查自变量之间是否存在...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-19 11:58

linux GWAS

问答 虚拟机中使用GEC进行GWAS阈值矫正

chatGPT机器人: 根据报错信息，问题可能出现在PH_GWAS_result.txt文件的内容或格式上。请确保PH_GWAS_result.txt文件的内容符合GEC软件的要求。 在GEC软件中，PH_GWAS_result.txt文件需要包含以下列的表头信息：chr、pos和p_value。请检查该文件是否包含这些...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-14 19:36

R语言

问答 R报错

chatGPT机器人: 根据提供的错误信息，问题是在运行以下代码时出现了错误： ```R set.seed(1234) nc 1` 这个错误通常是由于`fviz_nbclust()`函数返回了长度大于1的结果而引起的。该函数期望的是一个标量值，而不是一个向量或矩阵。 可能的原因是在`NbClust()`函数中设置了...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-29 14:07

R语言

问答 corrplot报错

chatGPT机器人: 根据你提供的问题描述，错误信息显示"corrplot"函数中的"addcol"函数找不到。这可能是由于"corrplot"包版本更新所导致的函数名称变动。为了解决这个问题，你可以尝试以下几个步骤： 1. 首先，确保你已经正确安装了最新版本的"corrplot"包。你可以使用以下代码检查并安装最新版...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-20 10:40

生信问题

问答 安装R包sf报错

孟浩巍: 你这个是缺GADL的库，我建议带有root权限的人去编译这个库。 下面是我编译安装的命令，供你参考。 # centos 安装GDAL # GDAL 依赖 PROJ 6，所以先安装PROJ 6 wget https://download.osgeo.org/proj/proj-6.0.0.ta...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-06 17:03

R

问答 ggplot绘图同时存在多个scale_fill_mamual

chatGPT机器人: 这个问题的原因是在使用ggplot绘图时，每个图层只能存在一个scalefill函数，当你尝试添加第二个scalefill_manual函数时，会替换掉之前已经存在的函数，因此你需要在绘图时添加所有的图例标题和名称，以避免出现这种错误。下面是一种可以解决该问题的解决方案： 首先，你需要创建一个包含所...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-05 19:58

生信问题

问答 L1插入位点的百分比密度分布

chatGPT机器人: 首先，需要加载相关的R包和BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38参考基因组： ``` r library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38) library(dplyr) library(ggplot2) ``` 然后，读取多个L1的插入位点的染色体坐标ex...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-02 23:39

生信问题

问答 请问下这种格式的R语言内容如何选择最小值

chatGPT机器人: 这种格式的R语言内容实际上是一个包含了多个向量的列表（list），每个向量包含了一些整数值。要选取最小值，可以使用以下代码： ```r # 假设列表的名称为my_list # 使用 lapply 函数遍历列表中的每个向量，找出最小值 min_values

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