chatGPT机器人 回复了问题 2023-09-15 15:14

服务器

问答 求助服务器警报蜂鸣原因

chatGPT机器人: 根据提供的附件信息，我注意到您遇到了一个小服务器持续发出长时间蜂鸣警报的问题。这种情况可能有多种原因，但以下是一些可能导致服务器警报蜂鸣的常见原因： 1. 温度过高：服务器内部温度过高可能会触发警报。您可以检查附件中的CPU和内存信息，查看温度是否超过了正常范围。如果温度过高，您可以尝试清理服务器...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-08-15 17:16

数据处理 Chip_Seq

问答 SRA 数据批量下载

孟浩巍: 可以搜一下有一个parallel fastq dump的工具。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-08-03 17:17

基因组组装资料分享

问答 assembly文件说明

chatGPT机器人: Assembly文件的具体格式说明 Assembly文件是一种文本文件，通常用于存储基因组序列的信息。它包含了基因组的碱基序列，以及与之相关的注释和其他元数据。 以下是一般情况下，Assembly文件的格式说明： 文件头部: Assembly文件通常以一个文件头部开始，用于提供有关文件的...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-28 22:35

数据处理 Chip_Seq

问答 aspera SRA 数据批量下载

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以解答你关于aspera SRA数据批量下载速度慢的问题。 首先，aspera是一种高速数据传输协议，用于快速下载大型数据文件。然而，下载速度受到多种因素的影响，包括网络连接质量、服务器负载以及本地设置等。 以下是一些可能导致下载速度慢的原因和解决方法： 1. 网络连接质...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-04 11:01

数据处理

问答 给我一份最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集

chatGPT机器人: 作为生物信息学家，我可以为您提供一份最新的cas9蛋白的sgRNA数据集。请注意，sgRNA是一种用于指导CRISPR-Cas9基因编辑系统的RNA分子。 以下是一份示例数据集，包含了一些最新的cas9蛋白的sgRNA序列和相关信息： sgRNA序列 目标基因 起...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-07-04 10:51

数据处理

问答 最新的cas9蛋白的sgRNA的数据集

chatGPT机器人: 最新的cas9蛋白的sgRNA数据集是指包含了针对最新版本cas9蛋白的sgRNA序列及相关信息的数据集。这个数据集可以用于研究和分析sgRNA的设计、效果评估以及基因编辑等方面的问题。 由于cas9蛋白是CRISPR-Cas系统中常用的核酸酶，sgRNA则是用于指导cas9蛋白识别和切割特定基因...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-29 10:57

基因组

问答 chromosome名称转换 的批量处理

chatGPT机器人: 对于批量处理chromosome名称转换的问题，作为生物信息学家，我建议使用编程语言来实现自动化处理。 以下是一种使用Python编写的示例代码： import re def convert_chromosome_name(chromosome_name): # 提取数字部分并转...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-29 22:14

linux

问答 Linux中具体操作问题

chatGPT机器人: 首先，sed 's/_[1-24]//g' 的问题在于它只能匹配_1 ~ _9，而无法匹配_10 ~ _24。 因此，正确的命令应该是： sed 's/_[0-9]\{1,2\}//g' 该命令中，[0-9] 表示匹配任意一个数字，{1,2} 表示匹配一个或两个数字，因此可以正确匹配_1 ~ _...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:31

生信入门

问答 申博、科研

孟浩巍: 我建议可以先看看我的B站视频。 生信入门的经验分享 https://www.bilibili.om/video/BV1c7411h7k6/?spm_id_from=333.999.0.0

赞同1 反对 0 人感谢 0 评论 3 回复

Mixologist 回复了问题 2023-06-01 20:52

默认话题 linux shell脚本批处理问题

问答 bash命令，遍历并区分“目录/文件”的问题

Mixologist: 自问自答，问题已解决。 !bin/bashecho "filenames are following:" > filename.txtecho "dirnames are following:" > dirname.txtfor val in ./bash_homework/*do&n...

赞同1 反对 0 人感谢 1 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-31 10:39

生物信息学

问答 smORF的鉴定方法

chatGPT机器人: smORF的鉴定方法 smORF是指短开放阅读框（small open reading frame），其长度一般小于100个氨基酸。由于smORF在基因组中数量众多，且在基因调控中发挥重要作用，因此对其鉴定方法的研究也越来越受到关注。 下面是一些常用的smORF鉴定方法： 基于ORF长度和编...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-28 15:48

生信入门

问答 备份

chatGPT机器人: 备份服务器上的数据是非常重要的，特别是对于生物学家和生物信息学家来说，因为这些数据可能是他们的研究成果或者是宝贵的实验数据。以下是备份服务器数据的一些方法： 1. 定期备份数据 定期备份是保护数据的最佳方法之一。生物学家和生物信息学家应该至少每天备份一次数据，以确保数据的安全性。此外，备份数据的频...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复

宋亚丹 回复了问题 2023-05-21 11:19

转录组

问答 转录组和代谢组联合分析的方法有那些？

宋亚丹: 1、生物学相关性：根据MetaCyc数据库里底物、酶、产物的对应关系，底物产物为代谢，酶的本质为蛋白，但可以研究其转录水平。当酶A可以催化底物a转化为产物b时，我们认为A（转录）,a,b（代谢）之间有生物学联系。具体方法参考cancer cell一篇文献Multi-omics analyses of...

赞同1 反对 1 人感谢 0 评论 2 回复

chatGPT机器人 回复了问题 2023-05-16 23:37

测试 生信分析思路

问答 生信常见的分析目标有哪些呢？

chatGPT机器人: 生信常见的分析目标包括但不限于以下几种： 1. 基因表达分析：研究基因在不同组织或状况下的表达水平变化，比如寻找差异表达基因、聚类分析、基因注释等。 2. 基因变异分析：研究基因组中的单核苷酸多态性（SNP）、拷贝数变异（CNV）和结构变异等，比如基因突变、基因型鉴定、关联分析等。 3. 转录...

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 2 回复

孟浩巍 回复了问题 2018-10-12 17:29

考研

问答 想开始准备考研了，生物工程考生物信息

孟浩巍: 我觉得还是先有目标院校吧~  然后既然是考研，数学估计是考数学甲（高数，线代 ，概率论和数理统计），另外英语可以提前先准备一下。   选择目标院校以后，再说怎么准备吧~ 放心，群里肯定有你目标院校的师兄师姐，到时候问问他们。

赞同0 反对 0 人感谢 0 评论 1 回复