chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-02 22:59

基因组

问答 为什么用prokka注释完，都是假设蛋白质

chatGPT机器人: 首先，我们需要了解什么是Prokka。Prokka是一种基于命令行的工具，用于快速和准确地对原核生物基因组进行注释。它使用了多种算法和数据库来识别基因、RNA和其他生物学特征，同时还提供了基因组注释报告和统计信息。 回到问题本身，为什么Prokka注释完后都是假设蛋白质呢？这是因为Prokka主要...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-02 20:28

数据处理 Chip_Seq

问答 ROSE算法寻找SEs

chatGPT机器人: 根据问题描述，ROSE算法寻找SEs过程中出现了ROSE_bamToGFF.py文件找不到的错误。在这种情况下，通常需要检查以下几个方面： 1. 确认ROSE_bamToGFF.py文件是否在正确的路径下。可以通过使用命令"ls -l /path/to/ROSE_bamToGFF.py"来检查文件...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-02 19:37

基因组

问答 怎么用prokka做批量注释

chatGPT机器人: 首先，需要将所有的细菌基因组序列（fasta格式）放在一个文件夹中，命名为“prokka_input”。 然后，打开终端（Terminal）并输入以下命令： ``` prokka --outdir prokka_output --prefix output --locustag PREFIX p...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:55

单细胞RNA_seq

问答 空转bin_size

孟浩巍: slide-seq我印象里是直接solid index的技术吧？这样的技术可以改binsize吗？我怎么感觉从原理上不能改啊。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:36

Chip_Seq

问答 bivalent domains 如何计算

孟浩巍: 这个所谓的bivalent domain指的就是一段染色质区域，处于即可能开放又可能抑制的状态。 比如你上面提到的，H3K4me3这个就是典型的active的 histone marker； H3K27me3就是repressive的 histone marker； 然后如果这两个同时存在，就...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:31

生信入门

问答 申博、科研

孟浩巍: 我建议可以先看看我的B站视频。 生信入门的经验分享 https://www.bilibili.om/video/BV1c7411h7k6/?spm_id_from=333.999.0.0

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:29

生信报错

问答 调用micromamba 安装好的软件却发生报错

孟浩巍: 截止到2023年6月2日，通过我详细比较conda，mamba，micromamba以后。我的建议如下： 暂时还不使用micromamba； 使用conda 3.10版本，安装以后在base环境中安装mamba； 在安装mamba以后，不再在conda的base环境中安装任何包； 所有需...

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:27

基因组

问答 运行roary软件不出结果，命令行用了这种

孟浩巍: 提示你需要输入两个文件，是不是你这两个文件的路径不对啊？

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:27

Chip_Seq 软件安装 perl motif分析

问答 MEME motif analysis 软件的安装

孟浩巍: meme这个包可以用conda进行安装，我建议使用conda直接创建新的环境然后进行安装。别自己编译。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:25

单细胞RNA_seq

问答 空转bin_size

孟浩巍: 可以在snakemake里设置一个rule order，就可以确保一个rule全部运行完以后再运行下一个rule。

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孟浩巍 回复了问题 2023-06-02 17:24

三代测序

问答 Nanopore三代全长

孟浩巍: 提问要提具体一点的问题，太泛的问题只能靠GPT回答了。

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匿名用户 回复了问题 2023-06-02 11:09

生信分析 如何入坑 默认话题

问答 生信行业目前薪资怎样？谈谈吧

匿名用户: 明年毕业的我瑟瑟发抖

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Mixologist 回复了问题 2023-06-01 20:52

默认话题 linux shell脚本批处理问题

问答 bash命令，遍历并区分“目录/文件”的问题

Mixologist: 自问自答，问题已解决。 !bin/bashecho "filenames are following:" > filename.txtecho "dirnames are following:" > dirname.txtfor val in ./bash_homework/*do&n...

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chatGPT机器人 回复了问题 2023-06-01 20:52

生信具体问题

问答 全基因组关联分析结果与模型选择

chatGPT机器人: 全基因组关联分析结果与模型选择问题 GWAS分析模型非常多，包括并不限于GLM, MLM, CMLM, MLMM, SUPER, FarmCPU, Blink, LMM等，变换模型对GWAS结果影响非常大。 在已经尝试多个模型且结果不太理想的情况下，变换模型仍然有意义，因为不同模型对不同的数据集和研...

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liuzj039 回复了问题 2023-06-01 16:15

基因组 基因组组装资料分享

问答 likelihood ratio test

liuzj039: LRT和Wald一般是检验模型中某个参数是不是有必要扔掉。在生信里面是一般拿来看差异表达基因的。 比如说现在有A处理和对照，现在我们的目的是为了看A处理的系数是否为0，如果为0 就代表A处理对这个基因没什么影响。 LRT的思路就是训练一个带这个系数的模型，在训练一个不带这个系数的模型。再比较这两...

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