ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？ - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1917: 浏览

ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？

生信分析

ChIP-seq的bigwig文件可以使用rpkm>1过滤掉一些弱的信号吗？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-26 20:15

回答：ChIP-seq的bigwig文件通常不使用rpkm值来过滤信号，因为rpkm值是用于RNA-seq数据的表达量计算的指标。在ChIP-seq中，我们通常使用peak calling的算法来识别已经被转录因子结合的DNA区域。然后，我们可以使用这些peak的信号强度来进行后续的分析，例如富集分析、GO分析等。通常使用一定的信号阈值来筛选peak，但这个阈值应该根据实验的具体情况进行调整，而不是简单地使用rpkm值为标准。

赞同 0 0评论

关于作者

: li-nwafu 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

6: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-26 20:11

更新时间: 2023-06-30 00:05

关注人数: 2 人关注

相关问题

ChIP-seq的IP的比对率低的可能原因: 2266 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

含有2个重复的Chip-seq的bw文件的展示: 1433 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

chip-seq数据下载有多个SRA: 1798 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

用wget 在服务器上用wget下载ENcode里的chip-seq测序原始数据，提示可以connected,但一直no data received ?: 1706 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

ASR祖先序列重建，最后一步使用PAML时出现一些问题: 2895 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

chip-seq 绘制bed 文件区域的 h3k27ac等修饰的信号强度图: 1726 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

【坐标北京】近期准备做一些RNA-seq，想请问一下大家哪些公司比较靠谱？-w-: 1521 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ChIP-seq测序深度: 1935 浏览 2 关注 2 回答 1 评论

使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图: 4050 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

选择信号检测XP-CLR: 2737 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问生存分析KM-plot交叉问题: 2029 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 chipseq原始文件fastq如何截取DNA长度小于等于260bp进行后续mapping: 1874 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问生存分析KM-plot问题: 1867 浏览 1 关注 2 回答 0 评论

问 Picard Markduplicate: 2400 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问尿代谢组正负离子数据标准化是否可以均用正离子检测出来的肌酐峰: 1270 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于生存分析的问题: 874 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

问使用Tracking Tumor ImmunoPhenotype(TIP)网站分析TCGA的BLCA_tpm数据: 1741 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问纤维二糖功能: 1919 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问关于RSEM和RPKM: 1354 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025