bivalent domains 如何计算 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

985: 浏览

bivalent domains 如何计算

Chip_Seq

还有下面这种不同状态的分析，感觉像ChromHMM 分析的又好像不是。

图片是来自同济大学高绍荣团队发的文章,https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1934590922002508?via%3Dihub

试着发邮件要了下画图数据分析过程和代码也没有回复

文章说计算来自一篇cell 文章https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867406003801?via%3Dihub

挺想做上面这些分析的，哪位大佬能搞个详细教程呀。

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 2 个回答

孟浩巍超级管理员用户来自于: 北京市
2023-06-02 17:36

这个所谓的bivalent domain指的就是一段染色质区域，处于即可能开放又可能抑制的状态。

比如你上面提到的，H3K4me3这个就是典型的active的 histone marker；

H3K27me3就是repressive的 histone marker；

然后如果这两个同时存在，就可以定义为bivalent domain。

看你上面的截图，就应该是先把基因组分区域，分区域的方法通常是分bin，然后你就可以计算这一个bin区间里的H3K4me3和H3K27me3的信号强度，两个都存在的时候就可以定义。

我看你上面还提到了chromHMM，用这个也可以，就是用chromHMM分出来H3K4me3和H3K27me3同时存在的那个类型就定义为bivalent domain即可。这个和直接分bin自己算coverage类似，没太大差别。

赞同 1 0评论

关于作者

: tidyboy 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

1: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-01 16:17

更新时间: 2023-06-02 17:36

关注人数: 2 人关注

相关问题

perl的如何进行读取和循环的: 808 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

请问下这种格式的R语言内容如何选择最小值: 770 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

Hichip得到loop数据如何注释？: 692 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

通过富集得到了一些信号通路，我想看看这些通路里哪些是和癌症相关的，如何实现呢？: 1009 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

你好ChatGPT，我身高1.75m，体重50kg，应该如何减肥: 610 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

ubuntu 14.04 server版安装软件 biocLite("highthroughputassays")，出现如下报错如何解决呢？: 706 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

seurat包，如何调节大热图左侧的基因字体大小: 1358 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

芯片数据去除批次效应一般用什么软件如何操作？: 730 浏览 1 关注 1 回答 0 评论

知道一批基因的具体位置，如何批量的从基因组中取出基因序列？: 869 浏览 3 关注 2 回答 0 评论

cafe 结果可视化如何操作？: 648 浏览 1 关注 0 回答 0 评论

推荐内容

问 ChIP-seq的IP的比对率低的可能原因: 1117 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 ROSE算法寻找SEs: 704 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 SRA 数据批量下载: 1158 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 annotatePeak peak基因组注释: 926 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 MEME motif analysis 软件的安装: 909 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问 chromosome名称转换: 710 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 CUT&TAG 的GC含量异常: 512 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 chipseq中一共一般有多少峰，可以认为实验是比较靠谱的呢: 957 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问是不是单细胞的chip-seq，cut run这些call peak是不需要对照的，我看代码里没有-c.所以Rna-seq的峰图也是不需要control来call peak的吗？: 695 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024