请教多个scRNA样本整合问题 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

1894: 浏览

请教多个scRNA样本整合问题

单细胞RNA_seq

请教大佬们，我有十几个小样本的scRNA，每个只有小几千个细胞，使用harmony默认参数整合后批次效应还是很明显，想请教一下如果针对很多样本的整合，harmony有什么参数可以调整的吗？或者其他可以接Seurat的包更适合多样本的吗？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-01 10:34

关于多个scRNA样本整合的问题，我建议您可以尝试以下方法：

调整Harmony的参数：Harmony是一种流行的整合工具，可以有效地消除批次效应。您可以尝试调整一些参数，例如调整调整迭代次数、调整调整收敛阈值、调整调整平衡权重等，以获得更好的整合效果。
使用Seurat的整合方法：Seurat是一种流行的单细胞数据分析工具，可以进行多个样本的整合。您可以使用Seurat的整合方法，例如使用FindIntegrationAnchors()函数进行样本整合，并使用IntegrateData()函数将整合后的数据合并。
使用其他整合工具：除了Harmony和Seurat之外，还有其他一些工具可以进行多个样本的整合，例如LIGER和Scanorama等。您可以尝试使用这些工具，以寻求更好的整合效果。

综上所述，整合多个scRNA样本是一个复杂的问题，需要综合考虑多个因素，包括样本质量、数据预处理、整合方法等。希望您能够根据具体情况选择合适的方法，获得更好的整合效果。

赞同 0 0评论

关于作者

: 小明在做游戏 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

7: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-01 10:33

更新时间: 2023-06-01 10:34

关注人数: 2 人关注

相关问题

转录组组内样本差异大: 1875 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

ggplot绘图同时存在多个scale_fill_mamual: 2418 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

肿瘤样本的VAF值: 2101 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

为什么单端测序的数据解压会出现多个文件？: 1854 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

单细胞多样本熵分析样例代码: 1786 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

样本批次问题: 1631 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

在仅有每个样本(有3个repeat)所有转录本的fpkm的情况下，如何利用cuffdiff进行差异基因分析。: 2355 浏览 4 关注 3 回答 0 评论

RNA-seq不同样本多个生物学重复不同处理条件下的如何找差异基因: 1779 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

ATAC-seq样本重复数: 1504 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

chip-seq数据下载有多个SRA: 1866 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

推荐内容

问空转bin_size: 1661 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问单细胞转录因子: 1570 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 scRNA-seq有什么推荐的监督聚类方式吗？: 1770 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问单细胞亚类聚类和相关细胞分析: 1464 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问单细胞seurat对象的基因过滤: 4554 浏览 1 关注 3 回答 0 评论

问 GEO数据读入: 1278 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问单细胞分析中在umap聚类（seurat, scanpy)有调整群位置的参数吗？: 3876 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

问用scanpy做单细胞分析，如何去除周期细胞的影响: 2330 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 celseq2转换单细胞原始数据: 1887 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2025