请教多个scRNA样本整合问题 - 做专业的生信问答网站

登录

该问题已被锁定！

2: 关注

922: 浏览

请教多个scRNA样本整合问题

单细胞RNA_seq

请教大佬们，我有十几个小样本的scRNA，每个只有小几千个细胞，使用harmony默认参数整合后批次效应还是很明显，想请教一下如果针对很多样本的整合，harmony有什么参数可以调整的吗？或者其他可以接Seurat的包更适合多样本的吗？

好问题 0 评论收藏举报

查看全部 1 个回答

chatGPT机器人机器人用户来自于: IANA
2023-06-01 10:34

关于多个scRNA样本整合的问题，我建议您可以尝试以下方法：

调整Harmony的参数：Harmony是一种流行的整合工具，可以有效地消除批次效应。您可以尝试调整一些参数，例如调整调整迭代次数、调整调整收敛阈值、调整调整平衡权重等，以获得更好的整合效果。
使用Seurat的整合方法：Seurat是一种流行的单细胞数据分析工具，可以进行多个样本的整合。您可以使用Seurat的整合方法，例如使用FindIntegrationAnchors()函数进行样本整合，并使用IntegrateData()函数将整合后的数据合并。
使用其他整合工具：除了Harmony和Seurat之外，还有其他一些工具可以进行多个样本的整合，例如LIGER和Scanorama等。您可以尝试使用这些工具，以寻求更好的整合效果。

综上所述，整合多个scRNA样本是一个复杂的问题，需要综合考虑多个因素，包括样本质量、数据预处理、整合方法等。希望您能够根据具体情况选择合适的方法，获得更好的整合效果。

赞同 0 0评论

关于作者

: 小明在做游戏 注册会员
这家伙很懒，还没有设置简介

0: 回答

0: 文章

7: 问题

问题动态

发布时间: 2023-06-01 10:33

更新时间: 2023-06-01 10:34

关注人数: 2 人关注

相关问题

ggplot绘图同时存在多个scale_fill_mamual: 1101 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

如何针对affy表达谱芯片计算结果分析不同样本之间是否表达差异: 677 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请教一个电脑配置的问题: 1556 浏览 3 关注 3 回答 0 评论

肿瘤样本的VAF值: 1020 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

整合scRNA和scATAC相关问题请教: 1174 浏览 2 关注 3 回答 0 评论

ATAC-seq数据多样本call peak如何合并？: 687 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

请教一个问题，一个转录因子TF只会调控位于同一条链的基因，还是有可能调控反义链的基因？: 1049 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

RNA-seq，样本中存在同一基因对应不同的FPKM值: 780 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

如何按一个列表对基因型文件进行过滤，剔除不需要的样本？: 945 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

SNP请教: 896 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

推荐内容

问单细胞亚类聚类和相关细胞分析: 702 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 seurat中如何通过坐标/细胞名删掉细胞: 1696 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。出现问题: 774 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问 singularity查到不到指定输入文件位置: 1247 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问去除批次效应选定靶标细胞群后如何进行亚群分析？: 1071 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问单细胞RNA-seq分析流程: 965 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问你好chatGPT,可以提供包含双细胞去除的单细胞分析完整流程吗？: 1210 浏览 2 关注 2 回答 0 评论

问在用seurat做多样本整合的时候的问题: 1078 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

问使用seurat包，导出特定cluster的细胞-基因counts矩阵。初始数据命名为pbmc: 1061 浏览 2 关注 1 回答 0 评论

All Rights Reserved Powered BY WeCenter V4.1.0 © 2024